В начале 1925 г. Иоанн внезапно заявил о возвращении к управлению епархией. Его признали правящим архиереем четырёх из пяти приходов Раненбурга и трёх прихода в Раненбургском уезде. Члены приходских советов, поддержавшие Иоанна, подписали протокол о непризнании епископа Мефодия и архиепископа Бориса. Иоанн стал служить в занятом его сторонниками кафедральном Троицком соборе, епископ Мефодий служил в последнем оставшемся у него в Раненбурге Вознесенском храме. 21 февраля патриарх Тихон на докладе архиепископа Бориса о ситуации в Раненбурге наложил следующую резолюцию: «Удивляюсь безумию епископа Иоанна. Нормален ли он? Запрещаю ему священнослужение». Епископ Глеб (Покровский) обращался к Иоанну с письмами, убеждал его одуматься и предлагал: «Действуйте на законном основании, а не пользуйтесь людьми, совершенно не интересующимися Святой Церковью» (епископ Глеб предполагал, что церковный раскол был инициирован органами гражданской власти). В мае епископ Глеб выехал для уврачевания церковного разделения в Раненбург, однако ему не удалось добиться, чтобы отпавшие приходы подчинились каноническому архиерею. Священники, перешедшие к Иоанну, были запрещены в священнослужении. Вторая поездка епископа Глеба в Раненбург в августе того же года также была безуспешной. Меры прещения, которые рязанские епархиальные власти принимали против Иоанна и его сторонников, стали одним из оснований для преследования их ОГПУ. В сентябре 1925 г. архиепископ Борис с викариями епископами Глебом и Мефодием и членами епархиальной канцелярии были арестованы за «нелегальную деятельность и присвоение прав и функций юридического лица» (советские власти признавали законными лишь церковные структуры обновленцев). Иоанн продолжал в это время свободно управлять признающими его приходами. В конце 1926 г. или в начале 1927 г. он поддержал григорианский Временный высший церковный совет, но не вошёл в его состав. Позднее был возведён в григорианском расколе в сан «митрополита». Управлял григорианской епархией, состоявшей не менее чем из 20 приходов. В 1930 гг. власти стали преследовать уже не только патриаршую церковь, но и неканонические течения. Григорианские храмы в Раненбурге были закрыты; Иоанн переехал в родную слободу, служил в местной Никольской церкви. В 1936 г. был арестован. Проходил вместе с большой группой священнослужителей и мирян по делу о «контрреволюционно-фашистской церковной организации». Обвинялся, в частности, в том, что устраивал при церквах монахов ликвидированной раненбургской Петропавловской мужской пустыни, а также организовал при зареченском храме церковный хор; его спевки были названы следствием «прикрытием для систематических нелегальных собраний». 3 октября 1936 г. приговорён особым совещанием при НКВД к трём годам исправительно-трудовых лвгерей. Отбывал срок заключения в лагере для инвалидов под Томском. В августе 1937 г. вместе с Рязанским архиепископом Иувеналием (Масловским), Ростовским архиепископом Дионисием (Прозоровским) и другими отбывавшими срок заключения священнослужителями привлечён к следствию по делу о «кадетско-монархической повстанческой организации “Союз спасения России”». 5 сентября арестован в лагере и помещён в тюрьму Томска. 15 октября Особой тройкой при УНКВД по Новосибирской области приговорён к расстрелу. Казнён, похоронен в безвестной могиле.