К богословским сочинениям исследователи относят тексты, созданные Исидором в связи с Базельским и Ферраро-Флорентийским соборами. Речь на Базельском соборе представляет собой развёрнутый ответ на выступление кардинала Юлиано Чезарини (греческий оригинал речи издан). Догматические речи, созданные во время работы Ферраро-Флорентийского собора, не были Исидором произнесены, однако отражают его взгляды на исхождение Святого Духа, на допустимость прибавки Filioque к Символу веры и на заключение унии (четыре речи, отчёт папе об успехах пропаганды унии на Востоке, речь «О мире и любви» издано). После Флорентийского собора из Буды Исидор отправил своей пастве окружное послание о заключении унии (текст издан Анатолием Аркадьевичем Туриловым). Сочинение «Являются ли ангелы и люди сопричастниками Божественной сущности или энергии?» (не издано) свидетельствует об интересе Исидора к богословским темам, затрагивавшимся в XIV в. в связи с полемикой об учении Григория Паламы. К историко-каноническим сочинениям исследователи относят две записки, составленные Исидором по поводу спора о церковной принадлежности полуостроова Майны (издано). К этим сочинениям по времени создания примыкает краткое описание Исидором путешествия из Константинополя в Сиракузы. Исидор был известен как собиратель и переписчик древних рукописей. По подсчётам М. Манфредини и П. Шрайнера, через руки Исидора прошло не менее 161 рукописного сборника: 74 из них были частью его библиотеки, 52 греческие рукописи он взял в 1455 г. из библиотеки папы Каликста III, пять рукописей вывез из Москвы, ещё о 30 рукописях исследователям известно из упоминаний в сочинениях Исидора. В Голицынском томе Лицевого летописного свода 1570 гг. содержится подробное иллюстрированное повествование о поездке Исидора на Ферраро-Флорентийский собор, о его возвращении в Москву, аресте и бегстве (Российская национальная библиотека: о назначении и приезде Исидора в Москву; «О Исидоре митрополите»; о поездке Исидора в Новгород, Псков и Юрьев; о Соборе в Ферраре; «Царь и патриарх и Сидор митрополит поидоша во Флоренцию», «Конец проклятому их собору», «О римской службе»; о послании Исидора; о возвращении Исидора, его богослужении и заточении великим князем Василием II Васильевичем в Чудов монастырь; «О Исидоре, како побежа с Москвы в Рим»). В композициях Исидор облачён, как правило, в архиерейскую мантию и белый клобук, облик не индивидуализирован. Изображения Исидора известны исследователям также на некоторых миниатюрах цикла «О пресвитере и о муже, бывших в латинских странах» в лицевой рукописи Жития Сергия Радонежского, 1580 – начало 1590 гг. (Российская государственная библиотека). Образ Исидора на иллюстрациях не подписан, исследователи идентифицируют его только предположительно, как правило, он облачён в монашеские (а не епископские) одежды, на голове чёрный клобук. Как католический кардинал Исидор представлен на картинах и эстампах, посвящённых Ферраро-Флорентийскому собору. Так, два заглавных листа в технике гравюры на дереве из редких изданий (одно напечатано в Кракове около 1510 г.) воспроизведены и описаны Дмитрием Александровичем Ровинским.