В 1638 г. Исаия был поставлен настоятелем киевского Пустынно-Никольского монастыря, полученного Петром (Могилой) от короля. В 1635 г. вместе с наместником Киево-Печерской обители Филофеем (Кизаревичем) отстаивал право монастыря на земельные владения в споре с Межигорским в честь Преображения Господня монастырём. Исследователи полагают, что Исаия был сотрудником митрополита Петра (Могилы) при написании им «Православного исповедания веры». Исаия представил это сочинение на Соборе в Киеве 8–18 сентября 1640 г. Собор рассмотрел «Православное исповедание веры», ряд вопросов внутрицерковной жизни и составленный Исаией монастырский устав. По решению Собора Исаии была присвоена степень доктора богословия. В сентябре-октябре 1642 г. Исаия вместе с Иосифом (Кононовичем-Горбацким) и Игнатием (Оксеновичем) в качестве делегата Западнорусской митрополии присутствовал на Соборе в Яссах, где рассматривалось приписывавшееся Кириллу Лукарису «Исповедание веры», в котором содержались протестантские идеи. Западнорусские клирики представили на Соборе латинский текст «Православного исповедания веры» митрополита Петра (Могилы; по свидетельству Мелетия Сирига, латинский текст был первоначальным). Собор обсудил сочинение и повелел Мелетию его исправить. Исправленный вариант был представлен Константинопольскому патриарху Парфению I, возможно, и другим восточным первосвятителям, в 1643 г. был одобрен как исповедание веры не только для Киевской митрополии, но и для греческих церквей. Утверждённый восточными патриархами текст не был послан в Западнорусскую митрополию, впервые он был опубликован на греческом языке в Амстердаме в 1667 г. В киево-печерской типографии в 1645 г. было напечатано сокращённое изложение первоначального варианта «Православного исповедания веры» на польском языке и на простой мове, подготовленное преподавателями Киево-Могилянской коллегии во главе с Исаией. В 1649 г. этот катехизис («Собрание краткия науки об артикулах веры») с некоторыми исправлениями был издан в Москве по благословению патриарха Иосифа и принят в Русской церкви, в XVII–XIX вв. сочинение неоднократно переиздавалось. Исаия был погребён в киевском Братском Богоявленском монастыре.