В 1772 г. Иерофей был назначен наместником черниговского Борисоглебского кафедрального монастыря. 2 августа 1774 г. возведён в сан архимандрита и стал настоятелем Елецкого черниговского в честь Успеения Пресвятой Богородицы монастыря. Составил опись монастырских имений, в 1786 г. переданных в казну. 20 апреля 1786 г., оставаясь настоятелем, Иерофей был назначен первым ректором Черниговской духовной семинарии, образованной на базе Черниговского коллегиума. После смерти 27 сентября 1788 г. епископа Феофила (Игнатовича) Иерофей был в числе претендентов на занятие Черниговской кафедры наряду с Минским архиепископом Виктором (Садковским) и др. Отчасти благодаря протекции канцлера графа Александра Андреевича Безбородко 28 октября того же года Иерофей был определён епископом Черниговским и Нежинским. Хиротония состоялась 6 декабря. Начал активную деятельность по восстановлению Преображенского собора XI в. в Чернигове. 11 ноября 1790 г. в связи с передачей монастырских имений казённой палате был вынужден переселиться в закрытый Болдинский во имя Святой Троицы и пророка БожияИлии монастырь. 1 апреля 1796 г. Иерофей был назначен митрополитом Киевским и Галицким и членом Святейшего Синода. Проявлял заботу о Киево-Могилянской академии. При нём в 1799 г. был восстановлен ранее упразднённый киевский Братский в честь Богоявления монастырь. Иерофей выступал против традиции выборов священников прихожанами, а также против наследственности иерейских мест, посвящая в сан лишь тех претендентов из семей духовенства, которые имели необходимый уровень образования. Провёл реформу благочинных округов. На присоединённой к Киевской митрополии после разделов Речи Посполитой территории Правобережной Украины вёл активную антиуниатскую деятельность. 6 сентября 1798 г. издал указ об открытии школ по переподготовке греко-католических священников. Заботился о благоустройстве храмов Правобережной Украины, о материальном обеспечении священников, отменил фиксированную плату за совершение требы. Награждён орденом св. Андрея Первозванного (1798 г.). Погребён в усыпальнице Успенского придела собора Святой Софии в Киеве.