Однако в издании Жана Поля Миня, основанном на публикации Г. Росвейде, это мнение оспаривается. Исследователи рубежа XIX и XX вв. (Э.К. Батлер, Э. Пройшен) обратили внимание на замечание церковного историка Созомена, что о жизни Аполлоса (в «История монахов» – Аполло) и других монахов повествует «правивший Александрийской церковью Тимофей»; речь может идти, по мнению исследователей, либо об архидиаконе (412 г.), либо о патриархе (380–384 гг.). Поскольку древние свидетельства не подтверждают, что автором «История монахов» являлся Тимофей, учёные пытаются дать этим словам другое объяснение. По предположению Е. Шульц-Флюгель, осуществившей критическое издание латинской версии (1990 г.), текст с описанием паломничества Тимофея автор «Истории монахов» мог использовать для своего рассказа. Замечание Геннадия Марсельского, что автором «Истории монахов», возможно, был епископ Бононии Патроний, учёными широко не обсуждается. Э.К. Батлер, Э. Пройшен и Р. Райценштайн поставили вопрос о характере текстологической связи между «Историей монахов» и «Лавсаиком» епископа Палладия Еленопольского. Э. Пройшен и Р. Райценштайн придерживались гипотезы, что оригинальный текст «Истории монахов» был написан на латинском языке Руфином Аквилейским, а греческий перевод был сделан позднее с привлечением материалов из «Лавсаика». В подтверждение Э. Пройшен ссылался на использование в тексте латинских титулов, мер длины и веса, на упоминание о том, что один из путешествующих заговорил на латинском языке, и на слова Иеронима об авторстве Руфина в письме Ктесифонту: «Он (Руфин) также написал книгу якобы о монахах и в ней перечислил многих, которых никогда не было…» По мнению Э.К. Батлера, первичным был текст «Истории монахов», а Палладий заимствовал из него материал. Э.К. Батлер опровергает авторство Руфина Аквилейского, приводя следующие доказательства: в 394 г. Руфин находился в Иерусалиме и был священником, в то время как среди паломников в «Истории монахов» упоминается лишь один клирик – диакон; в «Церковной истории» Руфин пишет, что видел обоих Макариев, а автор «Истории монахов» не застал ни одного из них. По мнению исследователей, на широкое распространение мнения об авторстве Руфина повлияли два фактора: короткий промежуток времени между появлением греческого оригинала и латинского перевода и амплификация в латинском тексте благодаря непосредственному знакомству переводчика со многими описываемыми в «Истории монахов» пустынниками в ходе путешествий по Египту в 373–380 гг.