Многие называли этот собор «белым» храмом в противоположность другим, «красным» церквам. Для этих людей иосифлянство стало выражением, прежде всего, отрицательного отношения к советской действительности. В начале 1930 гг., когда в стране осуществлялись насильственная коллективизация и раскулачивание, иосифлянство получило немалую социальную базу, особенно в земледельческих регионах, и приобрело политическую антиправительственную окраску. Подобные тенденции вызывали обеспокоенность у митрополита Иосифа, который считал, что духовно возглавляемое им движение было «антисергианской, но отнюдь не антигосударственной ориентации». На следствии митрополит Иосиф заявлял, что осуждает антисоветские выпады своих сторонников, при этом, правда, заметил, что безупречно лояльным к советской власти быть «чрезвычайно затруднено вообще при таком множестве... ограничений свободы». По мнению исследователей, представители власти первоначально обдумывали возможности использовать деятельность сторонников митрополита Иосифа в целях дальнейшего ослабления церкви. Однако вскоре иосифлянство стало рассматриваться государственными органами как наиболее опасное для властей религиозное течение, представители которого должны быть репрессированы в первую очередь. В многочисленных следственных делах сторонники митрополита Иосифа (Петровых) представлялись членами нелегальной «Истинно-православной церкви». Этот термин употреблялся митрополитом Иосифом, но имел другое значение, чем то, которое хотели придать ему следователи ОГПУ. Уже с начала 1928 г. начались аресты деятелей иосифлянства. Настоятель Спасо-Преображенской церкви посёлка Стрельна протоиерей Исмаил Васильевич Рождественский в феврале был арестован и выслан на Урал. В апреле в Глазове был арестован епископ Виктор (Островидов), в мае смертельно ранен при задержании епископ Иерофей (Афонин). В сентябре арестовали автора основных программных текстов иосифлянства протоиерея Ф.К. Андреева (в заключении он тяжело заболел и умер вскоре после освобождения). В марте 1929 г. арестован Михаил Новосёлов, тогда же в Ельце был задержан епископ Алексий (Буй). В ноябре 1929 г. в Ленинграде начались массовые аресты иосифлян: были заключены в тюрьму 44 человек, в том числе фактический руководитель движения архиепископ Димитрий (Любимов) и протоиерей В.М. Верюжский, настоятель главного иосифлянского собора Воскресения Христова (закрыт 17 ноября 1930 г.). Одновременно проходили аресты иосифлян в Центральном Черноземье, на Кубани, Северном Кавказе и Украине. Сменивший архиепископа Димитрия в качестве руководителя движения епископ Сергий (Дружинин) был арестован вместе с епископом Василием (Докторовым) в декабре 1930 г., во время второй волны массовых арестов иосифлян. Тогда по одному следственному делу в Ленинграде были арестованы 89 человек. По особому делу проходили иосифляне Кронштадта и Ораниенбаума, среди которых было много иоаннитов. Также отдельно было оформлено дело против ленинградских иосифлян-единоверцев. Одновременно прошли новые аресты иосифлян в Москве, на юге России, на Украине, в Белоруссии и других местах.