В июле-ноябре 1735 г. и в 1741–1743 гг. Иннокентий ездил в Якутию, совершил много священнических хиротоний, основал несколько храмов, окрестил в общей сложности больше 500 человек. Ограждая новых членов церкви от «обид и притеснений со стороны некрещёных сородичей и улусных властей», Иннокентий призывал их вести осёдлый образ жизни и заниматься хлебопашеством («Иркутские епархиальные вести»). Нередко на свои средства Иннокентий приобретал для новокрещёных одежду и различные подарки. Во время поездок Иннокентий отметил недостаточное количество храмов, особенно на северо-востоке епархии, из-за чего ему приходилось регулярно направлять для объезда этих территорий якутских священников. Иннокентий добивался от Синода средств на постройку церквей. На территории епархии при нём было возведено и освящено около 30 новых храмов, в том числе Спасский в Киренском остроге (ныне город Киренск), Иоанно-Предтеченский (1743 г.) в Якутске, Покровский и Никольский (1745 г.) в посёлке Залари, Никольский в селе Бадайском, Петропавловский (1740 г.) в деревне Большой Разводной, Никольский в Карапчанском остроге, Христорождественский (1736–1738 гг.) в посёлке Китой, Никольский (1733 г.) в селе Кривая Лука, Петропавловский (1736 г.) в селе Куяда, Свято-Троицкий (1736–1741 гг.) в селе Маркове, Никольский (1746 г.) в селе Никола на берегу Байкала, Никольский (1732–1737 гг.) в Кежемском погосте, Успенский (1734–1740 гг.) в селе Тулуновском, Спасский в селе Усть-Кут, а также церкви на Дальнем Востоке. В Иркутске завершилось возведение каменного Богоявленского собора (1718–1746 гг.), строились церковь во имя мученика Харалампия, церковь во имя святых Прокопия и Иоанна Устюжских. Увеличение числа храмов потребовало дополнительного штата священнослужителей. В 1739 г. после неоднократных обращений в Синод Иннокентий добился разрешения рукополагать служилых лиц и выходцев из податных сословий с освобождением их от податей. Иркутская епархия стала единственной в России, для которой было сделано подобное исключение. Подготовка приходского духовенства велась в духовных школах. Священнослужители и проповедники должны были, в первую очередь, целенаправленно изучать языки коренного населения, чтобы успешно заниматься миссионерской работой. Стараниями Иннокентия славяно-русская школа (основана в 1725 г. при иркутском Вознесенском монастыре) была преобразована в славяно-русско-латинскую школу (с 1741 г. в деловой переписке именовавалась «семинарией»), число учеников в ней достигло 60 человек. Некоторое время в школе преподавал латинский язык и риторику сосланный в Сибирь Павел Малиновский, будущий Московский  архиепископ Платон (Малиновский). В 1736 г. Иннокентий открыл второе духовное учебное заведение епархии – якутскую школу для подготовки священнослужителей из детей местного духовенства и новокрещёных якутов. Обустройство школы епископ поручил архимандриту Нафанаилу, переведённому из нерчинского Успенского в якутский Спасский монастырь. В школе преподавались Закон Божий, русский язык, счёт и пение. От выпускников требовались знание Священного Писания и Предания, церковной службы, а также способность объясняться с коренным населением. Образованный, владеющий несколькими языками Иннокентий преподавал в этой школе и сам отбирал детей священников для обучения.