Синод разрешил освятить церковь, но в регистрации монастыря вновь отказал до представления епископом Иларионом «резонов». Епископ Иларион поддержал Иоанна и в ответе указывал на то, что Иоанн действительно сопровождали многие духовные персоны, что церковь изначально строилась как монастырская (окружена кельями, в которых монахи живут «неотлучно»). Кроме того, епископ отметил и ту миссионерскую работу, которую проводил Иоанн с «потерявшими христианский закон» грузинами, бежавшими из турецкого плена и нашедшими приют при церкви Иоанна. Указом от 19 марта 1747 г. Синод предписывал разрешить возведение церкви и других строений и именовать их монастырём, передать обитель в ведение Иоанна, устранить Астраханского епископа от вмешательства в дела монастыря, но обязать Иоанна отправлять Астраханскому архиерею копии присылаемых Синодом указов. Указ был получен 23 июля того же года, однако 30 августа, во время пожара в Астрахани, церковь и другие постройки монастыря сгорели, уцелели лишь утварь и иконы. Разрешение на постройку новых монастырских зданий местная губернская канцелярия Иоанну не дала, а от другого предложенного места он отказался. Иоанн и его паства переехали в Кизляр, где уже сложилась значительная грузинская колония. Иоанн ходатайствовал об открытии при грузинской церкви в честь Воздвижения Креста Господня мужского монастыря. В 1739 г. его ходатайство было удовлетворено: был учреждён кизлярский в честь Воздвижения Креста Господня мужской монастырь, настоятелем стал руководитель кизлярской грузинской общины и основатель церкви игумен Даниил. Иоанн при монастыре основал школу для обучения горцев-грузин. В 1745 г. в Кизляре по инициативе Иоанна, епископа Иосифа и архимандрита Пахомия на базе Осетинской миссии была образована Осетинская духовная комиссия. В августе 1748 г. и в начале 1749 г. Иоанн вновь обращался в Синод с просьбой ввиду многочисленности грузинской общины разрешить устроить в Кизляре ещё один грузинский монастырь, но в середине 1749 г. получил отказ. Разрешено было жить в уже устроенном Крестовоздвиженском монастыре и расширить обитель «потребным монастырским и церковным строением..., если его Преосвященству со свитою устроиться в том монастыре будет невозможно». Сенат предписал генерал-лейтенанту Девицу «отвесть… без оскудения и без излишества» земли под дополнительные постройки Крестовоздвиженского монастыря, «а також и к поселению выходящим из плену грузинцам… и на заведение огородов, пашни и сенных покосов земли и лесных угодий». Однако Иоанн ещё до получения ответа Синода и Сената выстроил «на отдельном месте» от Крестовоздвиженского монастыря «келлии и людские покои» и заготовил для постройки обители лес. Его новое ходатайство об открытии монастыря поддержал епископ Иосиф, пожелавший провести остаток жизни в грузинской обители вместе с соотечественниками и обратившийся с этой просьбой в Синод, что сыграло решающую роль.