Труды Ионы были оценены патриархом Иоакимом (Савёловым), который удостоил Ростовского митрополита права «священный саккос носити и белый клобучец, подобен греческому, по чину Греческия Церкви». Сохранилось праздничное облачение Ионы, выполненное в строгановских мастерских: саккос 1665 г. (Ярославский музей-заповедник), клобук, омофор (музей-заповедник «Ростовский кремль»). В собрании музея-заповедника «Ростовский кремль» хранится литургический серебряный набор – вклад Ионы в ростовский Успенский собор. Для ризницы Иона «построил» семь архиерейских митр (три золотых, четыре серебряных), украшенных драгоценными камнями и жемчугом; 16 панагий (пять золотых, 11 серебряных) с драгоценными камнями и жемчугом; 11 омофоров, четыре из которых «низаны жемчугом»; сорок саккосов, семь из них «низаны драгоценными камнями и жемчугом»; семь палиц (три украшены жемчугом); восемь епитрахилей, «низанных жемчугом»; три креста с драгоценными камнями и жемчугом (два золотых, один серебряный). Библиотека Ионы, включавшая более чем 300 рукописных и печатных книг, хранилась в архиерейском доме в нескольких дубовых «сундуках и коробьях». В книгохранительнице кафедрального Успенского собора было собрано около 200 книг, из них около 150 рукописных. Кроме литературы богослужебного назначения в описи архиерейского дома указаны печатные книги «Скрижаль», Киево-Печерский патерик, Летописец киевский, «Мир с Богом» киевской печати, «Библия немецкая в лицах», Маргарит и др. Были сочинения по истории: Летописец Московского государства, «Книга степенная царского родословия», три книги Хронографа. По собственному прошению от 5 июня 1690 г. Иона был уволен на покой и вскоре скончался; погребён в ростовском Успенском соборе у южной стены (первое захоронение от алтаря). Как архипастыря Иону характеризует «Окружное послание», написанное им при восшествии на митрополичью кафедру, которое исследователи считают одним из лучших образцов этого жанра. Иона подчёркивает значение Священного Писания для духовной жизни человека, призывает священников читать и толковать пастве «Божественные писания», а если «поп или диакон не учит людей, от чина своего да извержится», совершать чинопоследования «единогласно и не борзяся, со всяким благоговением». Архимандриты и игумены «чтобы в своих монастырях учили б каждого». Монахи и приходские священнослужители должны иметь духовных отцов. Архиерей обязывает монахов и мирян трижды в году приступать к таинствам покаяния и причащения. В послании содержатся предупреждения об опасности распространения старообрядчества, обличение пьянства как среди мирян, так и среди духовенства. Иона призывает паству к церковному единству и послушанию священникам («церковникам»). После освидетельствования в 1652 г. мощей Даниила Переяславского Иона послал «епистолию» царю и патриарху. Исследователи полагают, что митрополит редактировал уже записанные чудеса этого святого или собрал сведения о чудесах от его мощей. Сохранилось значительное число благословенных грамот Ионы духовенству епархии и отчасти его переписка с современниками. Исследователям известно пять портретов Ионы, которые хранятся в собрании музея-заповедника «Ростовский кремль».