С другой стороны, в это время Иоанн пошёл на определённые уступки светским властям, требовавшим от него отделения от патриаршей церкви. В январе 1924 г. Иоанн обратился к патриарху Тихону с ходатайством о «временном обособлении» (т.е. временной автономии) «Восточной Церкви» в составе Уфимской и некоторых соседних с ней епархий Поволжья и Урала. Согласно ходатайству, автономия предполагала возможность рукоположения епископов, и учреждения новых епископий без согласия патриарха, созыв Малого Восточного церковного Собора, приём обновленческих женатых епископов в сущем сане в случае их покаяния при одобрении Малого Восточного Собора. 31 января на совещании духовенства в канцелярии Иоанном было принято решение об отмежевании от патриарха Тихона. Постановлением патриарха и Временного Патриаршего Синода от 3 февраля 1924 г., подтверждённым постановлением от 17 февраля, Иоанн был освобождён от временного управления Уфимской епархией и назначен временно управляющим Екатеринбургской епархией; при этом ему напоминалось об архиерейской присяге и о церковных канонах. Иоанна предупреждали, что если он прекратит связь с патриархом и Синодом, то будет подлежать суду архиереев. Управление Уфимской кафедрой поручалось вернувшемуся из заключения епископу Уфимскому и Мензелинскому Борису (Шипулину). Власти не позволили Иоанну выехать из Уфы, а с епископа Бориса под угрозой высылки взяли подписку о невмешательстве в дела епархии. 5 февраля общее благочинническое собрание духовенства Уфы по докладу Иоанна приняло предложенную им резолюцию о поддержке советской власти и отмежевании от «контрреволюционных течений»; под влиянием верных патриарху священников вопрос о «платформе по отношению к патриарху Тихону» был снят с рассмотрения до пастырско-мирянского собрания Уфы. 29 февраля 1924 г. в главном советском печатном органе Башкирской АССР газете «Власть труда» было опубликовано заявление Иоанна, где говорилось, что он отходит от «реакционного политического тихоновского течения, с которым порывает всякую связь». Получив от епископа Бориса написанное под угрозой ареста прошение об увольнении на покой «по состоянию здоровья», патриарх Тихон 14 марта 1924 г. вновь назначил Иоанна временно управляющим Уфимской епархией, освободив от поручения временного управления Екатеринбургской кафедрой. При этом Иоанн больше не поднимал вопрос об автономной «Восточной Церкви». В октябре 1924 г. Иоанну удалось легализовать деятельность органов православного епархиального управления. Условием их признания со стороны властей явилось введение в состав Епархиального совета по требованию светских властей «лиц прогрессивного направления» и издание «декларации с выявлением политической и церковной платформы вновь организованного Совета».