В Юрьеве Иоанн освятил здание Исидоровского православного училища, совершил чин закладки нового храма. Часто посещал лазареты, утешая и ободряя раненых. 8 августа 1917 г. на Предсоборном совещании Рижской епархии в Юрьеве избран членом поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг. Поддержал обращение латышских и эстонских участников Собора о передаче управления их приходами викарным епископам тех же национальностей. Представил в Синод проект создания в Рижской епархии двух викарных кафедр, составил проект инструкции с обозначением прав и обязанностей латышских и эстонских викарных епископов. В процессе обсуждения поддержал предложение Старицкого епископа Иоанна (Поммера; впоследствии архиепископ Рижский и всея Латвии) о разделении Рижской епархии с выделением эстонской её части в новоучреждаемую Ревельскую епархию. При подаче соответствующего представления патриарху Тихону Иоанн одновременно подал ходатайство о своём переводе на Рязанскую кафедру, освободившуюся после удаления оттуда по требованию «прогрессивного духовенства» архиепископа Димитрия (Сперовского). 20 ноября 1917 г. назначен архиепископом Рязанским и Зарайским. Продолжал участвовать в работе поместного Собора. Выступил в дискуссии при обсуждении доклада отдела Собора о духовно-учебных заведениях, твёрдо защищал «существующую систему пастырского образования» и призывал «сохранить духовные семинарии в том виде, в каком они существуют». 18 апреля 1918 г. участвовал в принятии Деяния о прославлении Иркутского епископа Софрония (Кристалевского). Постановлением патриарха Тихона от 25 апреля 1918 г. ко дню Святой Пасхи среди других архипастырей был награждён правом ношения креста на клобуке. В апреля 1918 г. в связи с обострившейся обстановкой в Рязанской епархии Иоанн по благословению патриарха Тихона вынужден был покинуть Собор и отбыть на свою кафедру. С его прибытием в Рязань церковная смута на время прекратилась, поскольку, по словам одного из современников, «архиепископ был свой родной и благодушный, и тактичный, а главное терпеливый». Старец Зосимовой пустыни иеросхимонах Алексий (Соловьёв) отзывался об Иоанне, как о великом подвижнике и достойном святителе. Между тем отношение новых властей к православной церкви становилось всё более нетерпимым. Во время епархиального съезда духовенства (заседание проходило под председательством Иоанна), в зал ворвались вооружённые красноармейцы. Съезд был закрыт, несколько участвовавших в нём священников арестовали. Вскоре Иоанн также был подвергнут кратковременному аресту без предъявления обвинения. Выселенный из своих покоев, он проживал в канцелярии личного секретаря, затем в тёмной сырой комнате в архиерейском доме. Скончался от воспаления лёгких и был погребён в южной части алтаря Архангельского собора Рязанского кремля – усыпальницы Рязанских архиереев.