Однако из-за последовавших вскоре событий 1917 г. прославление не состоялось. В 1934 г. Спасский кафедральный собор, в котором почивали останки Иннокентия и других Пензенских архипастырей, был взорван, руины сровняли с землей. Вновь вопрос о канонизации был поднят архиепископом Серфимом (Тихоновым) незадолго до празднования 200-летия Пензенской епархии (1–3 октября 1999 г.). В результате поисков, начатых 29 июня 1998 г. по благословению архиепископа Серафима, были обретены останки Иннокентия и епископов Афанасия (Корчанова), Амвросия (Морева), Григория (Медиоланского) и Антония второго (Николаевского), которые перезахоронили у бывшего архиерейского дома. 14 августа 2000 г. на архиерейском Соборе РПЦ Иннокентий был причислен к лику святых как «праведник, почитаемый за аскетическое житие и чудеса, совершаемые по его молитвенному предстательству». 22 октября того же года мощи Иннокентия крестным ходом были перенесены в Успенский кафедральный собор города Пензы и помещены в раку, а 23 октября временно управляющий Пензенской епархией епископ Саранский и Мордовский Варсонофий (Судаков) совершил чин прославления первого Пензенского святого. Ежегодно в день памяти Иннокентия в Пензе совершаются торжественные богослужения с чтением акафиста святителю. Имя Иннокентия присвоено открытой 23 октября 1998 г. Пензенской православной гимназии. 22 октября 2008 г. устроена гимназическая церковь во имя Иннокентия. Соимённый ей храм расположен в переданном епархии архиерейском доме, где в своё время пребывал Иннокентий, и где находится резиденция Пензенского архиерея. Первое богослужение в нём состоялось 21 мая 2001 г., а 2 декабря 2006 г. архиепископ Пензенский и Кузнецкий Филарет (Карагодин) освятил этот храм во имя Иннокентия. В собрании Киево-Печерского музея-заповедника хранится поясной портрет Иннокентия первой четверти XIX в., поступивший в 1920 гг. из Златоверхого Михайловского монастыря в Киеве. Святитель изображён в архиерейской мантии и чёрном клобуке, с панагией, крестом и наградами на груди. В портрете заметно влияние иконописной стилистики. Известны эстампы середины – второй половины XIX в. идентичного извода с характерным внешним обликом Иннокентия и с факсимиле его автографа (литография Пьера Жана Поль-Пети, середины XIX в., – Иннокентий с жезлом в правой руке), которые часто помещались в изданиях богословских трудов и писем святителя. Черты лица Иннокентия наиболее приближены к подлинным, поэтому в настоящее время именно литографии послужили основой для написания его икон.