Хотя в Прологе Иоанн Скифопольский, скорее, негативно отзывается о языческой философии, в схолиях отношение к ней более сложное: по отдельным вопросам он отмежёвывается от неё, но по ряду других, в частности, в понимании природы материи и зла, опирается на Плотина. Большинство тем, обсуждаемых в Прологе, затем более подробно рассматриваются в схолиях. В целом Иоанн Скифопольский ссылается на автора «Ареопагитик» как на обладающего апостольским авторитетом; его богодухновенное учение полемически упредило многие последующие ереси: он изложил учение о Троице, Христе, космологию и эсхатологию так, что его учение может служить для опровержения соответствующих ересей. Иоанн Скифопольский пользуется всякой возможностью, чтобы подчеркнуть: за не совсем обычным языком тринитарного богословия «Ареопагитик» стоит принципиально то же учение, что и ставшее классическим после каппадокийских отцов. Своим учением, согласно Иоанну Скифопольскому, автор «Ареопагитик» заранее опроверг нечестие Ария и Евномия. Толкуя термины «Божество» и «Триначалие», Иоанн Скифопольский однозначно понимает их как означающие Триединого Бога. Хотя он нередко смещает в своём толковании учение о Святой Троице Дионисия, выраженное в неоплатонических терминах, к более традиционном православном пониманию, в то же время он и сам вводит неоплатоническую терминологию для выражения православного учения: Иоанн Скифопольский толкует выражение Дионисия «единство и разделения», – говоря о порождении Ипостасей Троицы Богом Отцом, Который был «подвигнут любовью», он использует понятие «выступление вовне»; тут же прилагает выражение «единство и разделения» к «выходу Бога… в многовидность творения». При этом Иоанн Скифопольский подкрепляет своё толкование порождения Лиц Святой Троицы в понятиях «движение» и «выступление» ссылкой на трактат «Против Евномия» Григория Богослова (для сравнения Максим Исповедник, толкуя те же слова Григория, категорически отвергал приложение к Лицам Святой Троицы понятия «движение», т.е. иначе понимал указанное место в творениях Григория; однако у ряда более поздних отцов некоторые исследователи находят толкование, близкое к толкованию Иоанна Скифопольского). В области христологии Иоанн Скифопольский стремился, в первую очередь, подчеркнуть полноту человеческой природы Христа, включая разумную душу, явно полемизируя с Аполлинарием (он указывает, что употребление Дионисием таких выражений, прилагаемых к Воплощению, как «несмесно», «неизменно» и «всецелый человек», предваряет терминологию более позднего времени). Наряду с полемикой против монофизитов и аполлинариан Иоанн Скифопольский, толкуя Дионисия, отмечает, что его христология равным образом опровергает и Нестория, и тех, кто отвергают человеческую природу Христа.