Учение о разделении сущностей на частные и общие, наряду с отождествлением понятий «ипостась» и «природа», – главный объект полемики халкидонитов с Иоанном Филопоном. Даже близкий к нему в отношении терминологии Леонтий Иерусалимский эксплицитно отвергает, что Христос состоит из частной природы божества и человечества, и формулирует своё учение иначе: «Мы говорим, что Он из двух (природ), божественной и общей человеческой, которые обе существовали прежде единения во Христе, и в двух – общего божества, которое выше понятия общего и особенного, и особенного (относящегося) только к Нему человечества». Но для Иоанна Филопона именно учение о частных сущностях божества и человечества во Христе явилось главным обоснованием его монофизитского учения. С одной стороны, он утверждает, что «значение (слов) «природа» и «ипостась»... одно и то же, за исключением того, что термин «ипостась» означает также те свойства, которые, помимо общей природы, принадлежат каждому индивиду и по которым они различаются». Из этого утверждения Иоанн Филопон делает вывод, что если во Христе – две природы, как исповедуют халкидониты, то получается, что у Него две ипостаси, соответствующие этим частным природам. Следовательно, двух природ во Христе быть не может, и хотя выражение «из двух природ» является правильным при условии, что они «частные», однако выражение «две природы» неверно, – но две частные природы, из которых единый Христос, образуют единую сложную богочеловеческую природу. Иоанн Филопон основывается как на наблюдениях над тварной природой, так и на рациональных рассуждениях: «Невозможно, чтобы две природы, сохраняющие свою численную двойственность, образовали одну ипостась. Это можно подтвердить, на основе индукции, множеством примеров – как, например, камень и дерево могут образовать одну ипостась, т.е. индивид, или бык и конь, или Бог и человек? – так и на основе рассуждений. Ибо если в ипостасях, или, что то же самое, в индивидах, каждая природа принимает существование, допуская, что есть две природы, должно быть, по крайней мере, две ипостаси, в которых они принимают существование. Ибо природа не может существовать сама по себе, не будучи созерцаема в индивиде, а мы только что показали, что индивид и ипостась – тождественны». Таким образом, в толковании учения о Святой Троице и о Боговоплощении Иоанн Филопон упраздняет то, что составляет мистическую тайну обоих догматов, а именно, таинство Троицы в Единице и Единицы в Троице и таинство одной Ипостаси двух природ во Христе. При этом наиболее последовательно из всех монофизитов Иоанн Филопон доказывает учение о единой сложной природе Христа, согласовывая положения этого учения с триадологией, впоследствии получившей название «тритеизм».