Корпус с соборной кельей был перенесён за территорию скита Иоанна Предтечи, к югу от его ограды. Со временем ограда была расширена, и корпус опять оказался на территории скита Иоанна Предтечи. Скитский некрополь находился у южной стены. В 1854 г. в его восточной части был установлен чугунный крест с распятием и неугасимой лампадой. На пьедестале креста были написаны имена погребённых. В 1826–1918 гг. на кладбище были похоронены 78 монашествующих, в том числе игумен Варлаам (Давыдов), автор полемических произведений против старообрядчества иеросхимонах Иоанн (Малиновский), иеромонах Климент (Зедергольм), игумен Феодосий (Попов). Старцев хоронили не в скиту, а на территории монастыря. Подробное описание скитского кладбища с изложением биографий почивших было составлено в 1909 г., по мнению исследователей, архимандритом Агапитом (Беловидовым), послушником Николаем Беляевым (впоследствии старец Никон) и рясофорным монахом Иваном Полевым (впоследствии иеромонах Иосиф; Российская государственная библиотека, опубликовано в 2010 г.). Северо-западный угол скита Иоанна Предтечи занимали хозяйственные постройки: ледники, хлебный амбар, дровяной, конюшенный двор. На территории скита росли плодовые деревья (в 1910 г. – 400 яблонь и 50 груш), роща из кедров, лиственниц и пихт, большой цветник. В восточной части скита был устроен пруд. Снаружи, за северной стеной, располагалась пасека, обнесённая забором и соединённая со скитом Иоанна Предтечи калитками. К западу, у ворот скита, находился колодец с источником Амвросия Медиоланского, устроенный по благословению преподобного Амвросия. Ежегодно в дни Преполовения Пятидесятницы и Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня (1 августа) совершались крестный ход из скита к источнику и освящение воды. В 1822 г. козельский помещик Иван Петрович Анисимов пожертвовал скиту Иоанна Предтечи свою родовую икону Иоанна Предтечи, а Ф.Т. Третьяков – местночтимую чудотворную икону Божьей Матери «Знамение». В 1845 г. А.С. Кульнева отдала в скит икону с крестом, в который были вставлены частицы мощей младенцев, от Ирода в Вифлееме избиенных, и преподобных Илии Муромца, Моисея Чудотворца, Арсения Новгородского и др. Иеромонах Леонид (Кавелин) прислал с Афона киот с мощами Афонских преподобномучеников Игнатия, Евфимия и Акакия из Иверского монастыря и икону Иоанна Предтечи древнего греческого письма из монастыря Кастамонит. В церкви Иоанна Предтечи над царскими вратами был помещён вставленный в рамку крест с частицами Животворящего древа Креста Господня, камня от Гроба Господня, мощей равноапостольной Марии Магдалины и других святых (пожертвован в 1849 г. послушником Иваном Андреевичем Половцевым; впоследствии архиепископ Ювеналий).