Росту популярности миноритов в обществе способствовало решение Иоанна Пармского о предоставлении жертвователям Ордена права быть похороненными на францисканских кладбищах (5 апреля 1250 г. привилегия подтверждена буллой Иннокентия IV «Cum tamquam veri»). Стремясь сгладить противоречия между итальянскими и заальпийскими провинциями Ордена, Иоанн Пармский ввёл правило, согласно которому генеральные капитулы должны были проводиться попеременно в Италии и за её пределами. В 1250 г. минориты получили от Иннокентия IV привилегию, позволяющую министрам орденских провинций преследовать и помещать в тюрьму самовольно покинувших Орден братьев, даже если они к тому времени вступили в другие конгрегации. Также Иоанн Пармский добился права обращаться к светским властям за помощью в поимке отступников и не замедлил им воспользоваться: вскоре после посещения им Англии король Генрих III приказал схватить всех известных беглых францисканцев. Иоанн Пармский интересовался учением Иоахима Флорского (ум. в 1202 г.). Из-за сочувствия иоахимизму ему приписывалось авторство сочинения «Liber introductorius in Evangelium aeternum» («Введение в “Вечное Евангелие”»), в действительности созданного в 1254 г. францисканцем Герардо из Борго-Сан-Доннино и осуждённого папской комиссией в Ананьи в 1255 г. (см. «Евангелие вечное»). В 1257 г. под давлением папы Александра IV Иоанн Пармский был вынужден оставить пост генерала Ордена. Капитул, собравшийся в Риме, 2 февраля 1257 г. избрал новым генералом Бонавентуру (его кандидатура была предложена Иоанном Пармским). В 1262 г. в Читта-делла-Пьеве по инициативе Бонавентуры был начат процесс против Иоанна Пармского, которого обвиняли в приверженности иоахимизму. Бывшего генерала францисканцев приговорили к пожизненному заключению; от наказания его спасло вмешательство кардинала-протектора ордена Оттобоно Фиески (впоследствии папа Адриан V), который настоял на том, чтобы Иоанну Пармскому разрешили удалиться в Греччо. В 128812/89 г. Иоанн Пармский вновь совершил путешествие в Византийскую империю как миссионер и легат папы Александра IV. Иоанн Пармский внёс вклад в развитие францисканской литургии, способствовав созданию «Ordinationes Divini Officii» («Чины Божественной Литургии», также «Ceremoniale Ordinis Minorum vetustissimum»). Чины были утверждены на генеральном капитуле в Риме в 1257 г. Погребён в Камерино в церкви св. Франциска. В 1873 г. мощи Иоанна Пармского были перенесены в кафедральный собор. Почитание Иоанна Пармского спиритуалами установилось довольно рано. Так, в «Historia septem tribulationum Ordinis Minorum» («История семи бедствий ордена миноритов») Ангела Кларенского (Анджело Кларено; ум. в 1337 г.) он представлен истинным учеником католического святого Франциска Ассизского; в описанном четвёртом «бедствии» подробно рассказывается о противостоянии праведника Иоанна Пармского и Бонавентуры, который представлен «приспешником Антихриста». 1 марта 1777 г. почитание Иоанна Пармского было подтверждено папой Пием VI, в 1780 г. служба Иоанну Пармскому разрешена для францисканского Ордена.