В то же время некоторые важные гражданские посты получили лично преданные Иоанну II Комнину лица, не связанные с кланом Комнинов, такие как великий логофет Иоанн Аксух (выходец из тюркских племён, принявший крещение), логофет секретов Григорий Каматир. Иоанн II Комнин мало интересовался церковной политикой, и его правление не отмечено какими-либо крупными событиями в жизни Византийской церкви. С меньшей интенсивностью продолжалась в эти годы и греко-латинская полемика, которая была одной из важнейших проблем церковной жизни как на рубеже XI и XII вв., так и во второй половине XII в. В 1136 г., во время пребывания германского посольства в Константинополе, в храме Святой Ирины состоялся публичный диспут об исхождении Святого Духа между епископом Ансельмом Хафельбергским и митрополитом Никитой Никомидийским. В 1119 г. правительство Иоанна II Комнина раскрыло заговор партии противников императора. Один из его вождей, Никифор Вриенний, отказался открыто выступить против Иоанна II Комнина и тем самым нарушил планы заговорщиков. Иоанн II Комнин не решился прибегнуть к репрессиям в отношении своих ближайших родственников, отпустил их на свободу и сохранил доверие к Вриеннию (ум. в 1136 г.). В 1122 г. Иоанн II Комнин объявил соправителем и короновал своего старшего сына Алексея. К концу 1120 гг. по неясной для исследователей причине испортились взаимоотношения Иоанна II Комнина и севастократора Исаака. Исаак был вынужден покинуть Константинополь и около шести лет до примирения с Иоанном II Комнином в 1139 г. жил при дворах тюркских султанов в Анатолии и в Иерусалиме. В это же время севастократором стал второй сын Иоанна II Комнина Андроник. В 1142 г. один за другим умерли старшие сыновья Иоанна II Комнина Алексей и Андроник, и накануне смерти Иоанн II Комнин объявил наследником младшего сына Мануила, который к тому времени проявил себя как способный полководец. Внешняя политика Иоанна II Комнина представляла собой продолжение усилий Алексея I Комнина по восстановлению могущества Византии, поколебленного кризисом XI в. При этом Византии приходилось выстраивать сложные взаимоотношения с целым рядом государств Европы и Ближнего Востока, как христианских, так и мусульманских, вести войны по всему периметру своих границ, зачастую одновременно и без поддержки со стороны каких-либо надёжных союзников. В первые годы правления Иоанна II Комнина наибольшую угрозу империи представляли печенеги, уже в XI в. вытесненные половцами из Северного Причерноморья на Балканы, которые пытались расширять владения за счёт районов, находившихся под контролем Византии.