В марте 2000 г. назначен местоблюстителем Брегальницкой митрополии МПЦ, в ноябре того же года избран митрополитом Велесским и Повардарским, взошёл на кафедру 4 декабря того же года. Иоанн VI отозвался на обращение Сербского патриарха Павла к МПЦ от 20 июня 2002 г. о воссоединении и стал единственным архиереем МПЦ, который вошёл в литургическое и каноническое общение с СПЦ. Первую совместную литургию, подтверждающую единство Иоанна VI с СПЦ, он отслужил вместе с Сербским патриархом Павлом 1 августа 2002 г. в сербском монастыре Копорин. 23 сентября того же года архиерейский Собор СПЦ назначил его экзархом Македонии с титулом «архиепископ Охридский, митрополит Скопский». 25 декабря 2003 г. Иоанн VI был избран Предстоятелем ОПА. Его деятельность как главы ОПА вызвала негативную реакцию и преследования со стороны представителей МПЦ и властей Республики Македонии. 6 июля 2002 г. архиерейский Синод МПЦ освободил его от должности управляющего Повардарской епархией, и через несколько дней он был изгнан из епископской резиденции. В 2003 г., после попытки совершить крещение в храме МПЦ, он был осуждён на пять дней заключения за «нарушение общественного мира и порядка и сопротивление офицеру полиции», а в июне 2005 г. – на 18 месяцев за «разжигание этнической и религиозной ненависти, разногласий и нетерпимости». Иоанн VI отбывал срок в тюрьме до марта 2006 г., когда по решению Верховного суда Македонии срок его заключения был сокращён до восьми месяцев. 8 августа 2006 г. по обвинению в присвоении в период управления Повардарской епархией 57 тыс. евро пожертвований Иоанн VI был осуждён на год лишения свободы. 10 апреля 2007 г. суд сократил этот срок до восьми месяцев. Несмотря на преследования, с 2004 г. Иоанн VI и его викарии продолжают добиваться признания властями Республики Македонии ОПА как канонической части СПЦ. Иоанн VI активно участвует в международных церковных симпозиумах и семинарах, является автором более десятка статей богословского и церковно-канонического характера. Написал «Краткую историю Охридской архиепископии», в которой особое внимание уделил событиям, связанным с провозглашением автокефалии МПЦ. Издал воспоминания о своём пребывании в тюрьме Идризово под названием «Свобода в тюрьме» (2007 г.).