Поездка была успешной: Никон отдал грамоты, согласился уйти на покой и не препятствовать выборам нового предстоятеля (позднее бывший патриарх изменил свою позицию). Иоаким играл важную роль на Большом Московском Соборе 1666–1667 гг., осуществляя постоянные контакты между царём и отцами Собора и информируя царя о ходе работы. По свидетельству Жития, отцы Собора «имаше сего архимандрита Иоакима (во) всяких доношениих и к благочестивому государю царю, и весь Освященный собор благословяше». Старообрядцы особо отмечали роль Иоакима в принятии Собором решений в отношении последователей «старой веры». Фёдор Иванов писал о том, что старообрядцев перед царём и восточными иерархами «власти оклеветали... Павел, Крутицкий митрополит, да Рязанский архиепископ Иларион, и третий – Иоаким, архимандрит чудовской». Фёдор писал об Иоакиме как об одном из ближайших доверенных лиц царя: «Ему бо единому – Павлику (Крутицкому митрополиту) и второму – Иоакиму сказа царь тайну сердца своего, а они и прочих всех властей уже освоеваху и утверждаху всех в новинах стояти, а древнее предание все презирати и ни во что вменяти». Хотя Фёдор называет Иоакима в числе трёх главных противников старообрядчества на Соборе, в сочинении старообрядца содержится косвенное указание на то, что позиция Иоакима отличалась от позиции двух других насадителей богослужебной реформы – митрополита Павла и архиепископа Илариона. В то время как названные архиереи были убеждёнными защитниками реформы и, по словам Фёдора, «утвердили всё никонианство», «прочие все власти (из предшествующего изложения ясно, что речь идёт, в первую очередь, об Иоакиме) нехотя последовали им, славы ради и чести временныя, возлюбиша бо славу человеческую». Фёдор излагает позицию этих «невольных» сторонников реформы, которая определялась необходимостью ради престижа Российского государства твёрдо держаться линии, выбранной царём: «Обратитися паки на первое невозможно! Вси христиане укорят нас и оплюют, и иновернии иноземцы посмеются нам... Великий государь то изволил, а мы бы и рады по старым книгам пети и служити Богу, да его, царя, не смеем прогневати». Очевидно сходство этого заявления со словами Иоакима, будто бы сказанными им М.А. Ртищеву в августе 1664 г. В переданных Фёдором Ивановым словах Иоакима во многом отразилась суть позиции будущего патриарха, в своей деятельности всегда на первое место ставившего общегосударственные интересы, выразителем которых являлся царь. Со временем позиция Иоакима стала более определённой, часто противоречила мнению правителя, но служение интересам России, деятельность ради её блага всегда являлись основными целями Иоакима – убеждённого государственника.