Принял участие в архиерейском совещании Русской православной церкви 12 апреля 1925 г., подтвердившем назначение Патриаршим Местоблюстителем Крутицкого митрополита Петра (Полянского). В том же году был арестован, находился семь месяцев в Бутырской тюрьме. 2 апреля 1926 г. подписал как епископ Ставропольский послание 25 архиереев, осудивших деятельность организаторов григорианского раскола и поддержавших Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси). 20 августа 1926 г. назначен епископом Краснодарским и Кубанским, вскоре был выслан из Краснодара в Белгород. 1 октября 1927 г. назначен епископом Ростовским, викарием Ярославской епархии. Прибыв в Ростов, Иннокентий столкнулся с тем, что паства поддерживала прежде занимавшего Ростовскую кафедру митрополита Иосифа (Петровых). Назначенный в августе 1926 г. на Ленинградскую кафедру митрополит Иосиф был лишён властями возможности выехать в Ленинград и 12 сентября 1927 г. решением Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия и Временного Священного Синода переведён на Одесскую кафедру. Митрополит Иосиф отказался признать это решение и остался проживать в Ростове. Хотя митрополит Иосиф заявил, что не намерен препятствовать новоназначенному Ростовскому архиерею в управлении викариатством, 10 октября Иннокентий направил рапорт митрополиту Сергию, обвинив митрополита Иосифа в расстройстве церковной жизни. 2 ноября 1927 г. Иннокентий был назначен епископом Подольским, викарием Московской епархии. С 18 мая 1932 г. – епископ Владимирский и Суздальский. В апреле 1934 г. упоминается как архиепископ. С 17 февраля 1935 г. – епископ Харьковский и Ахтырский. 26 июля 1936 г. арестован в Харькове и помещён в городскую тюрьму №2. Обвинялся в «антисоветской агитации среди церковников» и в хранении «антисоветской литературы» (книг Сергия Николаевича Булгакова). 27 декабря 1936 г. приговорён особым совещанием при НКВД к пяти годам исправительно-трудовых лагерей. Отбывал срок в Орлово-Розовском лагпункте Сибирского исправительно-трудового лагеря (ныне на территории Кемеровской области). 25 ноября 1937 г. взят в лагере под стражу по обвинению в участии в «контрреволюционной повстанческой военно-шпионской диверсионно-террористической организации и подготовке восстания против советской власти». Казнён по приговору Особой тройки УНКВД по Новосибирской области от 8 декабря 1937 г. Погребён в общей безвестной могиле.