Проходил по делу вместе с другими членами Алексанро-Невского братства. Следствие ГПУ не смогло собрать обвинительный материал для направления дела в ревтрибунал, но рекомендовало выслать Иннокентия за пределы Петроградской губернии как «политически неблагонадёжного». 4 января 1923 г. Комиссией НКВД по административным высылкам за «агитацию против изъятия церковных ценностей» приговорён к двум годам ссылки в Архангельскую губернию, 23 февраля того же года место ссылки изменено на Туркестан. В марте 1925 г. освобождён, принял участие в архиерейском совещании РПЦ 12 апреля 1925 г., подтвердившем назначение Патриаршим Местоблюстителем Крутицкого митрополита Петра (Полянского). После возвращения в Ленинград входил в Епископский совет, управлявший Ленинградской епархией. На Иннокентия было возложено редактирование текстов воззваний Епископского совета, составленных совместно с другими членами Совета викарными епископами Кронштадтским Венедиктом (Плотниковым), Сестрорецким Николаем (Клементьевым) и Шлиссельбургским Григорием (Лебедевым). Согласно правилам государственной регистрации был приписан к храму во имя святых Бориса и Глеба на Калашниковской (Синопской) набережной, который стал центром деятельности Александро-Невского братства. В храм перешёл и братский хор. В ночь на 19 декабря 1925 г. арестован по «делу Епископского совета». Обвинялся в «распространении контрреволюционной литературы» (при обыске у Иннокентия был изъят антиобновленческий «Катехизис по вопросам обновленчества в РПЦ»). 29 апреля 1926 г. приговорён особым совещанием при Коллегии ОГПУ к ссылке в Сибирь на три года. Проживал в селе Братском Тулунского округа Сибирского края. По некоторым сведениям, в июне 1927 г. находился на Соловках. В 1928 г. переписывался с «главным идеологом» иосифлян протоиереем Фёдором Константиновичем Андреевым, отстаивая правильность церковной политики Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергия (Страгородского; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси). 26 октября 1928 г. особым совещанием при Коллегии ОГПУ освобождён после отбытия срока ссылки с запретом на три года проживания в важнейших городах и с прикреплением к избранному месту жительства. С начала 1929 г. проживал в Вологде. 30 августа 1930 г. назначен епископом Благовещенским, но назначения не принял. Осенью 1931 г. арестован в Вологде, обвинялся в антисоветской агитации. 2 декабря 1931 г. особым совещанием при Коллегии ОГПУ приговорён к трём годам исправительно-трудовых лагерей. Отбывал срок в Беломоро-Балтийском лагере. Работал на строительстве канала, был контужен при взрывных работах. В 1933 г. досрочно освобождён. 19 октября 1933 г. назначен епископом Старорусским, викарием Новгородской епархии. В сентябре 1936 г. тайно рукоположил будущего митрополита Иоанна (Вендланда) во диакона. В январе 1937 г. назначен архиепископом Харьковским, с 23 марта того же года – архиепископ Винницкий. 29 октября 1937 г. арестован в Виннице, приговорён Особой тройкой УНКВД по Винницкой области к высшей мере наказания и расстрелян.