В середине 1960 гг. его пригласил на работу председатель Издательского отдела Московской патриархии Волоколамский епископ Питирим (Нечаев). М.Е. Губонин оформлял православный церковный календарь, выполнял другие художественные работы. Его основным трудом было собирание материалов, посвящённых патриарху Тихону (охватывающих весь период его церковного служения) и истории РПЦ в советский период. М.Е. Губонин копировал тексты документов, собирал подробные сведения о жизни патриарха, его указы, речи, послания; акты и переписку, посвящённые вопросу о каноническом правопреемстве высшей церковной власти; материалы о репрессиях против духовенства. Несмотря на болезнь, продолжал составлять эту книгу общим объёмом около 14 тыс. страниц машинописного текста до последних дней жизни. Всё это делалось нелегально и с большим риском. После ареста первая коллекция документов была изъята. Выйдя на свободу, М.Е. Губонин стал собирать материалы заново. Для сохранения максимально полной информации упоминал документы, тексты которых достать не мог, но имел более или менее надёжные сведения об их существовании и времени написания. Провёл работу по датировке собранных материалов, раскрытию фамилий иерархов. Стремился к максимальной объективности, отказался от избирательного подхода к документам, их обработки, приводил и тексты подложных посланий и писем, если они оказали влияние на взгляды и поведение определённой группы духовенства. Большое количество документов по истории церкви из архива М.Е. Губонина было опубликовано Львом Львовичем Регельсоном в качестве приложения к его книге «Трагедия Русской Церкви, 1917–1945» (П., 1977 г.). Помещая эти материалы, автор не называл фамилию М.Е. Губонина, ссылаясь на «Архив-1» (часть собрания М.Е. Губонина). Позже архив попал в Православный Свято-Тихоновский богословский институт, в 1994 г. на его основе был издан сборник документов «Акты Святейшего Тихона, Патриарха Московского и всея России, позднейшие документы и переписка о каноническом преемстве высшей церковной власти». Сборник охватывает 1917–1943 гг. В него также включён список всех епархий и правящих архиереев (в том числе обновленческих, раскольнических) за 1917–1946 гг., составленный М.Е. Губониным совместно с его учеником Пантелеимоном Николаевичем Грюнбергом (но неоконченный) и являющийся продолжением справочника Павла Михайловича Строева «Списки иерархов и настоятелей монастырей Российской Церкви». В 1994 г. вышел ещё один сборник – «Патриарх Тихон и история русской церковной смуты», в который вошли собранные М.Е. Губониным воспоминания о святителе и некоторые другие документы. Похоронен на кладбище в городе Долгопрудном Московской области.