В 2003 г. восстановлена южная паперть. В 1999–2001 гг. Введенская церковь и одностолпная палата расписаны бригадой иконописцев во главе с С.Н. Петровым. Колокольня была построена к северу от трапезной палаты в середине 1580 гг., при настоятеле Антонии (Алексееве). Это было столпообразное, высотой около 25 м, шестигранное в плане, 3-ярусное сооружение. Цоколь кирпичного сооружения был отделен от первого яруса двумя лентами разновеликих валиков, разделённых рядом плоской кладки и завершённых полочкой. Между вторым и первым ярусами проходил пояс из валика, заключённого между двумя полочками. Средний ярус завершался широким поясом из лент бегунца и поребрика. Арки проёмов звона третьего яруса обрамляли фигурными архивольтами, а парапет каждого проёма звона был украшен тремя ширинками. Завершалось сооружение карнизом и тремя ярусами кокошников, поставленных на сомкнутый свод, несущий открытый барабан главки. Количество кокошников в первом ярусе – 18, по три на каждой грани, во втором – 13, в третьем – 11. Палатки первого и второго ярусов также были перекрыты сомкнутыми 6-лепестковыми сводами и имели каждая по одной двери и несколько окон. Доступ на второй и третий ярусы был по внутристенной лестнице. В северо-восточной грани колокольни находился гиревой колодец для часов, установленных в проёме звона. Работа с фрагментами взорванной колокольни началась в 1969 г.; в 1976 г. расчищено от завалов основание колокольни, сохранившееся в отдельных местах до уровня подоконника окон первого яруса. Восстановление колокольни продолжалось с 1977 по 1988 г. Возведённая в середине XVIII в. кирпичная ограда монастыря имела четыре угловые башни, трое ворот и три калитки. Стены с внешней стороны расчленены лопатками на прясла, в которые вписаны неглубокие крестообразные ниши. При сооружении ограды в северной стене была сохранена Никольская церковь, располагавшаяся над воротами прежней ограды, которая во второй половине XIX в. была заменена существующими ныне Святыми воротами, построенными в русском стиле. В западной стене, около юго-западной башни, расположены хозяйственные ворота с калиткой и привратной палаткой. В восточной стене ограды находятся небольшие ворота, которые вели в монастырский сад. В южной стене ограды, обращённой к верхнему пруду на речке Болдинке, первоначально располагалась только калитка, а в 1927 г., в процессе реставрационных работ, были устроены небольшие ворота. Реставрационные работы на ограде начались в 1975 г., когда был восстановлен участок восточной стены, в которой оставлен проезд для техники. В 1984–1991 гг. восстанавливались утраченные завершения и отдельные участки стен, а также были укреплены стены единственной сохранившейся башни в северо-восточном углу и восстановлена привратная палатка у хозяйственных ворот, выполнено завершение св. ворот. Башни в юго-восточном, юго-западном и северо-западном углах восстановлены в 1993 г., а к 1995 г. завершена известковая обмазка всей стены.