Его политика по отправлению к папскому престолу французских кардиналов и по предоставлению пенсий некоторым кардиналам и членам Римской курии принесла результаты уже в 1605 г.: решения, принимаемые на конклавах по избранию папы Римского, зависели от французской партии – 1 апреля 1605 г. папой Римским, взошедшим на престол под именем Лев XI (апрель 1605 г.), был избран дядя королевы Марии Медичи, в другой раз (после 8 мая) французам удалось отклонить кандидатуру, поддерживаемую испанцами, и настоять на избрании лояльно настроенного к Франции папы Павла V(1605–1621 гг.), в 1606 г. ставшего восприемником дофина Людовика. Сыграв решающую роль в создании уникальной для Европы раннего Нового времени религиозно-политической ситуации – сосуществования двух конфессий, Генрих IV после перехода в католичество способствовал успехам Контрреформации во Франции. В сентябре 1603 г. он разрешил вернуться иезуитам, изгнанным в январе 1595 г. из округов Парижского, Руанского и Дижонского парламентов. Иезуитом был исповедник короля Пьер Котон, которому Генрих IV в 1604 г. подарил замок Ла-Флеш и 2 тыс. экю годовой ренты для создания иезуитской коллегии (там он завещал похоронить своё сердце). Генрих IV поддерживал основание новых и реформирование существовавших монастырей: в 1604 г. Пьер де Берюль основал первый в Париже кармелитский монастырь, в 1607 г. – монастырь урсулинок, в 1604–1606 гг. построен первый монастырь капуцинов, в 1609 г. по инициативе аббатисы Анжелики Арно была проведена реформа монастыря Пор-Руайаль. Генрих IV пригласил ко двору католического св. Франциска Сальского, исповедался ему в грехах. Успехи в экономической политике Генриха IV связываются исследователями чаще всего с именем Сюлли, фаворита короля, гугенота, с 1596 г. управлявшего финансами, а в 1598 г. ставшего суперинтендантом Франции. С помощью Сюлли Генриху IV за несколько лет удалось добиться экономического подъёма страны. Политика государственного меркантилизма позволила поправить коммерческий баланс Франции. Правление Генриха IV способствовало развитию городов королевства, в частности, широкому применению каменного строительства. Несмотря на успехи, король продолжал оставаться объектом критики, прежде всего, со стороны тех, кто был привержен теориям тираноубийства, рассматривал возможность его убийства. В 1609–1610 гг. короля обвиняли в невыполнении данных папе обещаний, в открытой поддержке протестантов в Женеве и в Нидерландах. 14 мая 1610 г. Генрих IV был убит ударом кинжала заскочившим в проезжавшую по улицам Парижа королевскую карету фанатиком Франсуа Равальяком. Сразу схваченный, Равальяк был казнён 27 мая на Гревской площади. Современные исследователи отвергают идею антикоролевского заговора. Генрих IV похоронен в королевской усыпальнице в базилике Сен-Дени.