По проектам Ф.Ф. Горностаева была выполнена роспись церкви преподобного Василия Исповедника в Новой Деревне за Рогожской заставой (1903 г.; перестроена; роспись не сохранилась), резной иконостас в стиле московского Успенского собора и роспись в домовой церкви в имении князя Ширинского-Шихматова при станции Академическая Николаевской железной дороги (1903 г.), отремонтированы колокольня и трапезная, выполнена её роспись, установлен мраморный иконостас в церкви Рождества Пресвятой Богородицы в Бутырках (1908 г., современный адрес.: Бутырская ул., 50; западная часть трапезной разрушена). Наиболее значительная постройка Ф.Ф. Горностаева – храм-колокольня Рогожского кладбища в Москве, символический памятник, сооружённый в ознаменование распечатывания алтарей старообрядческих храмов. В архитектурном конкурсе (1906 г., всего поступило 28 работ) его проект был удостоен второй премии и избран для осуществления (проект 1906–1908 гг.; закладка 20 апреля 1908 г.; строительство 1908–1909 гг., совместно с архитектором Зиновием Ивановичем Ивановым; освящена 18 августа 1913 г.). В облике колокольни, выполненной Ф.Ф. Горностаевым «по-старинному» и ориентированной на архитектуру церкви-колокольни во имя Иоанна Лествичника (Иван Великий) с примыкающими к ней звонницами в Москве, колокольни Новоиерусалимского монастыря и соответственно храма Гроба Господня в Иерусалиме, была возрождена идея воссоздания образа святых мест, предпринятая ранее Борисом Годуновым и патриархом Никоном. Другие прототипы памятника – Золотые ворота Константинополя, Киева, Владимира, восходящие к Золотым воротам Иерусалима, храмы Москвы и Владимиро-Суздальской Руси. Это столпообразная 4-ярусная постройка высотой около 80 м, имеет боковые, увенчанные главками на барабанах объёмы, непосредственно отсылающие к архитектуре иерусалимского прототипа. Три первых яруса – прямоугольные в плане, четвёртый – восьмиугольный. В первом ярусе располагалась церковь в честь Воскресения Христова (в настоящее время – Успения Пресвятой Богородицы) с полукруглой апсидой с востока и крытой папертью с запада; во втором ярусе – помещения ризницы и библиотеки; третий и четвёртый – ярусы звона; постройка увенчана куполом на барабане, напоминающим завершение церкви-колокольни Иоанна Лествичника и равным ему по диаметру. Фасады колокольни, апсида, барабаны главок украшены аркатурными поясами, поребриком. Центральная арка нижнего яруса звона имеет фестончатый силуэт; над ней – рельеф с изображением «неясыть-птицы» (пеликана, кормящего своим телом и кровью птенцов), символа Христа; архивольт арки поддерживают рельефные изображения райских птиц алконоста и сирина.