Грачаница переживала подъём под покровительством митрополита Новобрдоского Никанора. В 1539 г. открылась типография, где трудился печатник Димитрий. Из её продукции известен Октоих 5-8-го гласов (1539 г.), скромный по оформлению, с листовой гравюрой – реалистичным изображением собора Грачаницы («Митрополиа Градчаница») в верхней части и св. авторов-мелодов (Иоанн Дамаскин, Косма Маюмский и Иосиф Песнописец) – в нижней. Книги, вложенные в Грачаницу митрополитом Никанором, использовались как образцы для переписки: в 1567 г. безвестный книгописец перечислил 12 «Никануровых книг» богослужебного содержания, которые он переписал. Судя по этой записи, в это время монастырь вновь был известен как книгописный центр. В конце XVI – начале XVII вв. в монастырь вкладывали книги Новобрдоский митрополит Василий (1591 г.), Печские патриархи Герасим (1580 г.) и Паисий (Яневац; 1614–1647 гг.). От библиотеки монастыря сохранилось небольшое собрание рукописей; в XX в. исчез последний экземпляр Октоиха, напечатанный в монастыре в 1539 г. Сейчас здесь хранится около десяти рукописных книг и столько же фрагментов XIV–XVI вв., а также несколько старопечатных книг преимущественно XVI в. В 1564 г. митрополит Дионисий I, кончина которого изображена на фреске во внешней припрате, собственноручно сделал царские врата. Благодаря Печскому  патриарху Макарию (Соколовичу) Грачаница была реконструирована: окна внешней припраты были заложены, а стены к 3 сентября 1570 г. вновь расписаны. Патриарх Печский Паисий (Яневац) покрыл церковь оловом и увенчал в 1620 г. иконостас Распятием. При великом переселении сербов в 1690 г. часть насельников ушла из монастыря, из ризницы были взяты многие ценные предметы. Грачаница пришла в запустение и до первой половины XX в. действовала как приходский храм. Во время Первой мировой войны, в ноябре 1915 г., болгарские войска разграбили Грачаницу, и многие рукописи и иконы оказались в музеях Софии. После Второй мировой войны несколько монахинь поселились в Грачанице. До проведения в январе 1946 г. аграрной реформы монастырю принадлежало 18 га пахотных земель и 100 га лесных угодий, после реформы – 20 га пашен и 30 га лесов. В 1990 гг., во время военных действий, монастырь несколько раз подвергался нападениям албанских экстремистов. В настоящее время находится под охраной военных сил КФОР. В обители проживают около десять сестёр, настоятельница – игуменья Евфросиния. В Грачанице хранятся мощи преподобномученика Стефана Нового. Из архиереев, занимавших кафедру в Грачанице, известны Мавроян (1190–1220 гг.), Варнава (XIII в.), Антоний (1299 г.), Игнатий (1314–1316 гг.), Савва (XIII в.), Илия (около 1321 г.), Симеон (1383–1388 гг.), Досифей (1426–1449 гг.), Венедикт (Црепович; 1455 г.), Иларион (после 1455 г.), Никанор (1528/1529 – после 1551 гг.), Дионисий I (Соколович; 1564–1570 гг.), Дионисий II (1586 г.), Василий (1587 – 1595/1598 гг.), Анания (1598–1612 гг.), Паисий (Яневац; до 1614 г., после – патриарх Печский), Лонгин (1616 г.), Сильвестр (1633–1635 гг.), Евфимий (1642–1649 гг.), Григорий (1649 г.).