В 1947  г. Гурий был арестован, но на следующий день бежал из окна больницы, в которой содержался под стражей. Тайно служил в городе Цивильске. В 1948 г. вновь арестован, полтора года содержался в чебоксарской тюрьме, в 1949 г. этапирован в лагерь, где трудился на лесоповале. За отказ от работы в церковные праздники и воскресные дни постоянно заключался в карцер. В 1956 г. был освобождён по амнистии и состоянию здоровья (был болен хроническим бронхитом), вновь находился на нелегальном положении, не имел паспорта. Тайно служил в Поволжье, окормляя «катакомбные» общины под видом плотника и печника (одновременно занимался и этими ремёслами). Лично встречался с Антонием (Лобовым), Антонием (Голынским) и Геннадием (Секачём), но отверг их как неканонических иерархов. В 1962 г. приобрёл у одного из своих духовных чад небольшой дом на станции Тюрлема, в котором устроил тайную церковь, службы в которой проходили ночью. При этом, как и раньше, продолжал посещать верующих, живших в чувашских деревнях. В 1980 гг. жил в доме, принадлежавшем тайной инокине Филониле, ухаживая за ней и её сестрой (обе пожилые женщины были парализованы). В сарае при этом доме ещё в 1964 г. Гурий устроил маленькую тайную церковь. Поминал на богослужениях первоиерархов Русской православной церкви загранице (РПЦЗ), с большим опозданием узнавая об их смене. В 1988 г. установил связь с Архиерейским Синодом РПЦЗ и передал просьбу «катакомбных» верующих о поставлении его в епископы. В 1990 г. для выезда в США получил паспорт, что вызвало неприятие наиболее радикально настроенной части его паствы. Был возведён митрополитом Виталием (Устиновым) в сан архимандрита. Однако его епископская хиротония в РПЦЗ не состоялась из-за непризнания архимандритом Гурием епископа РПЦЗ Лазаря (Журбенко), который управлял приходами «зарубежников» в России. Один из современников, встречавшийся с Гурием в сентябре 1990 г. в Москве, так вспоминал о нём: «В более чем скромной комнате, служащей молельной многодетной семьи, мы увидели отца Гурия. Как и всех, кому доводилось с ним встречаться, он поразил нас до глубины души. Согбенный старец, маленький и хрупкий, но в то же время столь величественный, благородный, исполненный внутреннего достоинства. Даже у далёких от Церкви людей он невольно вызывал чувство благоговения. Казалось, что он не принадлежит настоящему времени, настолько всё в нём было чуждо окружающей «советской действительности». Он был словно из другого времени, как бы являясь живым свидетельством православной России, о которой мы имели лишь смутное представление как о безвозвратно «ушедшей Руси», которую так трагично потеряли наши отцы и деды». После этого для получения епископства Гурий перешёл в греческий старостильный Авксентиевский Синод; во главе этой группы находился архиепископ Авксентий (Пастрас). Для этого вновь выехал в США, где два месяца жил в старостильном Бостонском Старо-Преображенском монастыре. Паства епископа Гурия вошла в молитвенно-каноническое общение с греческими старостильниками-авксентиевцами и осталась в этой юрисдикции и после его кончины. 28 июля 1991 г. Гурий был рукоположён в русском Свято-Воскресенском храме города Вустера (близ Бостона) во епископа Казанского. Архиепископ Авксентий отказался участвовать в хиротонии по причине болезни. Скончался Гурий 7 января 1996 г. на Рождество Христово, похоронен в Чувашии.