После отказа от Флорентийской унии, а также в послевизантийское время апофатическая традиция превратилась в единственный возможный путь православного богословия, поэтому Дамаскин Студит (ум. в 1577 г.), не имея представления о взглядах Варлаама Калабрийского и Григория Акиндина, обличал их за то, что они как мессалиане отождествляли свет с божественной сущностью и как ариане заявляли о её сотворённости, в XVII в. Иерусалимский патриарх Нектарий (1661–1669 гг.) предал анафеме Варлаама и Григория Акиндина как томистов. К латинянам их причисляли братья Иоанникий и Софроний Лихуды, Макарий Патмосский (1688–1737 гг.), Диамантис Рисиос (ум. в 1747 г.), Викентий Дамод (ум. в 1752 г.). Их взяли под защиту греки-униаты и антипаламиты Пётр Аркудий (ум. в 1633 г.) и Лев Алляций (ум. в 1669 г.). Таким образом, имя Григория Акиндина соединилось в одно целое с именем Варлаама Калабрийского и стало обозначать архетип еретиков для многих протагонистов православия. Многие сочинения Григория Акиндина до настоящего времени остаются неопубликованными. Среди них: «Речи и письма… к Варлааму и против него», «Гомилия к Собору», «О благодати», «Об энергии, в главах божественного Максима», антипаламитские антирритики, исповедание веры, духовное завещание. Однако критическое издание произведений Григория Акиндина (1983, 1995 гг.) опровергает оценку его как «посредственного богослова», оказавшего влияние на теологию того времени исключительно благодаря широким связям в столице. Иоаннис Полемис (1862–1924 гг.) в издании трудов Феодора Дексия называет Григория Акиндина выдающимся «византийским богословом традиционной школы». Влияние на Григория Акиндина богословских взглядов Варлаама Калабрийского и Никифора Григоры несомненно, тем не менее, исследователям трудно оспаривать его самостоятельное значение, т.к. с 1341 по 1346 гг. он считался ведущим теологом в Константинополе, и бесспорно влияние его богословия на антипаламитскую аргументацию Григоры. Самостоятельность Григория Акиндина проявляется, в частности, в том, что он отверг взгляды как Варлаама, так и Григоры на сущность Фаворского света и не пытался определить её. Иоанн Дамаскин говорит: «Ибо Он открыл им (ученикам) собственную божественность, оный неизреченный свет, о котором написано: “Был Свет истинный, Который просвещает всякого человека, приходящего в мир” (Ин. 1:9). Ибо это был Логос, воплощённый из-за нас и преобразивший собственное тело, не в иное, отличное от Него, но в нетварное». В этом высказывании, по замечанию Надаля Каньельяса, выражается «христоцентрический характер» теологии Григория Акиндина. Утверждение, что Фаворский свет является «невидимым и непостижимым через физическое проявление для любого человека», расходится как с мнением Варлаама Калабрийского, что этот свет ниже человеческого ума, так и с тезисом Григоры, считавшего Фаворский свет тварным и ставившего его ниже естества ангелов. Григорий Акиндин полагает, что ученики получили некое видение божественности Христа, но не были способны воспринять божественность как таковую, «что сама оная всё превосходящая божественность Бога-Логоса, выше которой нет ничего, тогда (на горе Фавор) была явлена апостолам, однако явлена так, чтобы было возможно им видеть божественность, которая сама по себе непостижима по своей природе. …Ибо божественность является неумножаемой монадой, а не сущностной формой и образом, ибо божественная природа сама по себе бесформенна и безóбразна». По мнению Григория Акиндина, необходимо было присутствие Христа, чтобы божественная природа стала видима телесными очами Его учеников (а способ, каким они могли созерцать её, он обсуждать отказывается). Для богословских сочинений Григория Акиндина характерно употребление множества цитат из античных авторов: Гомера, Еврипида, Платона и др., что позволяет охарактеризовать его как гуманиста. Он также внёс значительный вклад в разработку метода толкования святоотеческих цитат, требуя принимать во внимание литературную форму произведения, повод, по которому оно было написано, и учитывать контекст каждой цитаты.