Греческие и болгарские отряды, сражаясь друг с другом, одновременно противостояли и османской армии. Когда окружённый турками погиб в бою самый известный македономах, греческий офицер Павлос Мелас (1870–1904 гг.), его голова была отрублена и захоронена своим же соратником, чтобы убитый не был опознан. Турки, догадываясь, кому принадлежало обезглавленное тело, решили вручить его болгарам, на поругание. В гомеровском противостоянии вокруг тела Меласа Герману удалось заполучить покойника, отпеть и захоронить в Касторие. Занятый борьбой против болгар, Герман не скрывал своей конечной цели, что следует из его заявления: «Наша игра с турками – временная. Придёт день, когда Эллинизм заявит о своих правах, но сегодня первоочерёдной задачей является разгром болгар». Борьба за Македонию была свёрнута после младотурецкой революции, поскольку у христианского населения появилась надежда на лучшую жизнь в реформированной империи, с гражданским равноправием. В ходе Первой Балканской войны Касторья и практически вся Западная Македония были освобождены греческой армией. То, что регион сохранил свой греческий характер до своего освобождения, во многом заслуга митрополита Германа. В 1906 г., ещё до прекращения борьбы за Македонию, османские власти, по указке британского посольства, потребовали от патриарха отзыва митрополитов городов Монастир, Гревена, Драма и Кастория. Герман, пробыв некоторое время в Константинополе, был избран и послан в 1908 г. митрополитом в понтийскую епархию Амисос (Самсун). Он прибыл в Самсун морем 25 марта 1908 г. и сразу развил бурную деятельность по созданию греческих школ: создал гимназию, признанную Афинским университетом, и при ней самый большой в Турции крытый гимнастический зал со снарядами, присланными из Афин. В 1913 г. умер Константинопольский патриарх Иоаким III Великолепный (1878–1884, 1901–1912 гг.). Герман был в числе трёх кандидатов, но отступил в пользу старца митрополита Халкидонского Германа V (1913–1918 гг.). В апреле 1914 г., будучи в Германии, Герман узнал о начавшихся гонениях против его паствы. Ему удалось задействовать родственные связи греческой королевы Софии с германским двором и приостановить гонения. Но через несколько недель после его возвращения в июне 1914 г. началась Первая мировая война. Турки мобилизовали всех греков Понта от 20 до 45 лет в так называемые «тамбуру орду» (рабочие батальоны), отправляя их в глубинку Анатолии, где они тысячами гибли от голода и лишений. В 1915 г. турки приступили к массовой резне христианского населения, начиная с армян, и армянские семьи сотнями отдавали своих детей под защиту митрополита Германа, который, в свою очередь, распределял их среди греческих семей. В 1916 г. наступил черёд греков, когда началась депортация всего населения в глубинку Анатолии. Приятельские отношения Германа с маршалом Вехип-паша, который, в свою очередь, помня корректное отношение к нему, когда он был пленным в Афинах в 1913 г. после Бизани, дал отсрочку событиям, но ненадолго. Результатом продолжающегося террора стала организация греческим населением, при поддержке митрополита, партизанских отрядов самообороны, которые со временем стали насчитывать 20 тыс. бойцов. Герман послал с командиром Хараламбидисом письмо генералу Николаю Николаевичу Юденичу (1862–1933 гг.) с просьбой продолжить наступление, занять Самсун и спасти христианское население. Хараламбидис на паруснике доставил письмо в Трапезунд. Став, таким образом, мишенью для турок, Герман был отправлен в Константинополь, где был посажен в тюрьму, но всё же избежал смерти и был выпущен по ходатайству патриарха. После окончания войны Герман, на английском эсминце, вернулся в Самсун. Греческие отряды и выжившие из депортации и резни возвращались в свои города и сёла. В 1919 г. в Самсун прибыл Мустафа Кемаль (будущий Ататюрк), который пожелал встретиться с Германом, но митрополит его проигнорировал. В 1920 г., после начала кемалистского движения, Герман активизировался в создании фронта оппозиционных Кемалю турок, курдов и черкесов.