В декабре 1735 г. бывший архиерейский казначей иеродиакон Иосиф и некоторые другие домовые люди подали архиерею шесть доношений на Германа в «забрании» разного архиерейского имущества, начиная строительными материалами и кончая мелочами вроде «конфеточных» подносов и «финифтяных» чашек. Тотчас после приезда Гавриил Германа «от училища отставил», уволил «словесно» Соколовского и распустил учеников фары и инфимы. Положение Германа стало невыносимым после почёта и влияния при Иларионе, и Гавриил с некоторой долей правдоподобия доносил Синоду, что взволнованный архимандрит «приходил к нему с немалым невежеством и при этом яростно употреблял, что он ему не подчинён, его не слушает». В своей распре с Гавриилом Герман искал поддержки у влиятельных ученых земляков – у архиепископа Феофана Прокоповича и Вологодского епископа Амвросия Юшкевича (к ним он послал «приватные письма» о защите его от «безвинно злобствующего на него» архиепископа и об освобождении «из того Египта»). Священный синод Русской православной церкви 5 февраля 1736 г. рассматривая Казанское дело, нашёл в распоряжениях Гавриила «противные Её Величества указом поступки» и потребовал от него «обстоятельного известия». В то же время Синод постановил вызвать Германа в Санкт-Петербург, «дабы ему по оным нападениям и утеснению не нанеслось какого крайнего озлобления». Прибывшему в Петербург Герману в июне 1736 г. было поручено временно исправлять чреду священнослужения. Гавриил утверждал, что он распустил учеников «по силе Духовного Регламента», предписывающего содержать лишь столько учеников, «по сколько человек собираемого с монастырей и церквей хлеба к пропитанию и нуждам станет». Это формальное объяснение, во всяком случае, не показывает в Гаврииле той любви к просвещению, какую имел его преемник епископ Лука Конашевич (ум. в 1758 г.), при тех же средствах «своим рачением и щедротою» обративший в полную семинарию опустошённую Гавриилом славяно-латинскую школу. Профессор Покровский, признающий до некоторой степени формальную законность мероприятий Гавриила по отношению к школе, замечает, однако, что Гавриил «строго держался правила: денег нет, и дела нет». Совсем уже без всякого основания Гавриил утверждал, что он «никакого злобства к архимандриту не имел» и что он «несведом» был о назначении Германа «для строения семинарии». При этом Гавриил пытался критиковать и педагогическую систему Германа в той её части, которая была доступна пониманию знавшего лишь славянскую грамоту владыки. Гавриил особенно подчёркивал, что из «свидетельствованных» им фаристов и инфимистов «многие явились славяно-российских книг Часослова и Псалтыри необученные» и по этому самому были отданы родственникам «для изучения показанных российских книг в твёрдость дабы за необучением первее оных книг чтением прочих книг и в следующем других наук познании неудобопонятными быть не могли». Почти год тянулось следствие по Казанскому семинарскому делу. Лишь в декабре 1736 г. Синод постановил решение с видимым желанием во всём оправдать страдавшего за любовь к просвещению Германа.