Герман убедил донатора церкви, банкира П. Стефановика, полностью финансировать восстановление разрушенной в 1896 г. землетрясением Халкинской богословской школы. В 1894 и 1895 гг. по причине переутомления Герман лечился в больнице в Мухлионе. В 1896–1897 гг. патриархом Анфимом VII он был призван в качестве члена Священного Синода, а 10 мая 1897 г. был перемещён на Халкидонскую митрополию патриархом Константином V (1897–1901 гг.), который не привлекал его к сотрудничеству. В Халкидонской митрополии Герман на средства П. Стефановика воздвиг храм Святой Троицы и училище для девочек. Бывшим противником – патриархом Иоакимом III (1878–1884, 1901–1912 гг.) – Герман вновь был приглашён в члены Священного Синода. Он был избран на патриарший престол, когда впервые за много лет его имя не было вычеркнуто Портой из избирательных списков, набрав 47 голосов против двух других кандидатов. Его интронизация состоялась 5 февраля 1913 г. Герман V стал последним патриархом эпохи Османской империи. Его патриаршество совпало с Балканскими и первой мировой войнами. К этому же времени частично относится третий период борьбы церкви за права и прономии (1908–1914 гг.). Тем не менее, патриаршество Германа V прошло сравнительно спокойно, возможно из-за старости и утомления патриарха предшествующими десятилетиями борьбы. К синодальному управлению он, в основном, привлекал архиереев по собственному выбору. По мнению греческих историков, в течение своего патриаршего служения Герман V постоянно дистанцировался от духа и буквы принятых в 1860 г. четырёх общих уставов патриархата. Он был сторонником прежней системы управления, известной как «геронтизм». Согласно этой системе у постоянных членов Синода (нескольких старейших митрополитов-геронтов) хранилась печать патриархата, и для принятия каждого документа требовалось их согласие, подписи и оттиск печати. Патриарх Герман V также подбирал членов Священного Синода по своему усмотрению, а не на основе списка епископов, подаваемого согласно уставам. В его патриаршество среди русских монахов на Афоне (1913 г.) получило известность движение имяславия (движение почитателей имени Божьего). Синод расценил движение как хульное и еретическое, отправил на Афон грамоту от 5 апреля 1913 г., которая объявляла учение имяславия пантеизмом. В годы Первой мировой войны Герман V занял явно выраженную протурецкую позицию. В этой связи в российской прессе приводился следующее сообщение: «Греческий патриарх в Константинополе обратился с посланием ко всем греческим митрополитам Турции, в котором предписывает в каждое воскресенье за обедней молиться за здравие султана и о победе Турции над Россией. Патриарх пожертвовал тысячу пар сапог для турецких солдат». Тем не менее, это не спасло греческое население западной части Малой Азии от насильственного перемещения. В 1915 г. около 774 тыс. греков отправили во внутренние области Османской империи (прежде всего, Анатолию) для бесплатной работы в составе «трудовых отрядов». К концу 1918 г. 250 тыс. из них погибли из-за тяжёлых условий жизни и труда. В этой связи патриарх неоднократно посылал свои обращения в Высокую Порту, но безрезультатно. Тем не менее, был создан Центральный патриарший комитет помощи перемещённому греческому населению, который в октябре 1918 г. возглавил оппозиционный Герману V митрополит Эносский Иоаким (Георгиадис), возглавлявший партию противников патриарха Германа V среди епископата. Попытка выступления против Германа V была предпринята во время литургии в патриаршем храме 5 октября 1918 г., когда во время Великого входа раздались крики «Долой!» Почувствовав себя плохо, патриарх обратился к народу с просьбой успокоиться и затем обещал через Прусского митрополита Дорофея (Маммелиса) уйти в отставку. 12 октября 1918 г. под давлением недовольной части народа Герман V отрёкся от престола, после чего удалился в Халкидон. Последние годы жизни он провёл в Халкидоне, окружённый любовью и заботами духовного чада Григория. Скончался в декабре 1920 г. Погребён у северо-западной стороны собора Святой Троицы в Халкидоне, построенного в его бытность на Халкидонской кафедре.