Избранный на престол без участия германского короля, Григорий VII послал к Генриху IV своего же соперника Дидье с просьбой не утверждать его папой, ибо он предпочитает, якобы, скромную монастырскую келью блеску папского дворца. Расчёт был направлен на то, что скромная просьба вызовет к нему симпатии короля. Однако результат оказался для него неожиданным: Собор, созванный Генрихом IV, объявил избрание Гильдебранда незаконным. Уже первые архиерейские письма Григория VII демонстрируют, что духовенство сразу признало его главой церкви (это развеивает сомнения в его нелегитимности). 22 мая 1073 г. он получил рукоположение священника и стал папой 30 июня, когда был рукоположён в сан епископа. В акте о результатах выборов те, кто выбрал его в качестве епископа Рима, охарактеризовали Григория VII так: «Набожный человек, человек, сильный в человеческом и божественном знании, выдающийся приверженец равенства и справедливости, человек мудрый в несчастии и умеренный в благости, человек хорошего поведения, безупречный, скромный, целомудренный, гостеприимный; человек, с детства воспитанный в лоне Матери-Церкви, за заслуги свои возвышенный до архидиаконского достоинства». «Мы выбираем, – сказали кардиналы народу, – нашего архидиакона Гильдебранда папой и преемником апостола, и нести ему в дальнейшем и навсегда имя Григория». Григорий VII прославился как реформатор церкви. В своей деятельности он исходил из того, что церковь была основана Богом, и на папу возложена задача сплотить человечество в единое общество, в котором божественная воля является единственным законом, и, соответственно, божественное учреждение является высшим над всеми человеческими структурами, особенно, светским государством. По его мнению, папа как глава церкви является посланником Бога на земле, и непослушание ему означает непослушание Богу. Григорий VII распорядился, чтобы все важные церковные вопросы решались в Риме. Централизация церковной власти в Риме, естественно, означала свёртывание полномочий епископов. Поскольку они отказались подчиниться добровольно и пытались отстаивать свою традиционную независимость, понтификат Григория VII оказался полон борьбы против высших чинов духовенства. Это противостояние выразилось в борьбе папы за целибат (безбрачие) духовенства и против симонии (продажи церковных должностей), которые глубоко укоренились в церковную практику и быт того времени. Объединяя под названием «николаитов» священников-блудодеев с женатыми священниками,  Григорий VII в 1074 г. опубликовал энциклику, освобождавшую население от послушания епископам, которые не наказывали женатых священников. Не довольствуясь суровыми дисциплинарными мерами, на Соборе 1075 г. он провёл более энергичные меры, приглашая мирян не принимать от «николаитов» церковных таинств. Хотя папа не сумел полностью ввести целибат, но вёл борьбу за него с большей энергией, чем его предшественники, стараясь завершить начатое ими. В следующем году папа повелел принять меры против женатых священников и лишить этих священнослужителей доходов. Теми же мерами и с той же энергией Григорий VII стремился устранить «симонию» – приобретение или передачу за деньги церковных должностей, хотя смысл этого термина отличался неопределённостью и при нём покрывал даже инвеституру. На Соборе 1078 г. и на Соборе в Кведлинбурге (1085 г.) были признаны недействительными ординации и таинства, совершаемые не канонически поставленными клириками. Этот призыв мирян к борьбе с грешными клириками со стороны папы был созвучен самостоятельному течению религиозных слоёв общества, на союз с которыми опирался Григорий VII. Вместе с тем он пытался по возможности централизовать обновляемую им церковь: Римская курия должна являться верховной апелляционной инстанцией для всех «важнейших дел». Хотя Григорий VII и предпочитал публиковать свои меры на ежегодных римских concilia generalia, он рассматривал право церковного законодательства как исключительную привилегию папы. Папа старался подчинить Риму митрополитов, требуя от них особой клятвы послушания, личного появления в Риме для получения паллия и вмешиваясь в жизнь местных церквей через своих многочисленных легатов. Григорий VII отождествлял папу с церковью. Поэтому непослушание папе равнозначно отпадению от христианства. Тем не менее, он признавал божественность двух властей: «священнической» и «царской» и считал необходимым их единение, причём первая выше второй, как церковь выше государства, поскольку происхождение государства греховно, и государственная власть ведёт начало от установивших её по наущению дьявола преступников. По унаследованной Григорием VII от своих предшественников мысли, он считал, что некоторые области и государства находятся в непосредственном подчинении Риму, являясь «собственностью Римской церкви» (или «царством св. Петра»). Такую точку зрения папа пытается провести по отношению к Далмации, Венгрии и Испании, в которой старается поставить своего легата во главе борьбы с маврами и ввести римский обряд, и даже королю Дании предлагает превратить своё государство в «лен князя апостолов». Он боролся за политическое преобладание в Западной Европе с германскими императорами. Одного из них – Генриха IV (1056–1106 гг.) – принудил явиться к себе с покаянием в тосканскую крепость Каносса. Но в конце жизни был изгнан из Рима и умер в изгнании.