Видимо, это не было исполнено, поскольку в 1691 г. игумен Авраамий, насельники Свято-Духова монастыря и вологжане, «всяких чинов люди», били челом патриарху Адриану об освидетельствовании чудес и о последующей канонизации трёх Вологодских чудотворцев, в том числе Галактиона. Патриарх направил Вологодскому архиепископу Гавриилу грамоту с повелением «про тех святых… известие сотворити… и каковые от них бяху чудеса». В ответной грамоте архиепископ писал, что о святых «известия совершеннаго несть», как нет и достоверных сведений о чудесах. Окончательное решение патриарха было следующим: «Из земли мощей их… изымати не повелеваем, такожде и прославляти в церкви яко совершенных мнимых чудотворцев пением, и почитанием, и на иконах изображении возбраняем». Однако в 1697 г. по повелению архиепископа Гавриила был обретён нетленный гроб Галактиона, открыть его не дерзнули. Несмотря на отсутствие акта о канонизации, почитание Галактиона было широким и устойчивым. Имя Галактиона включено без указания даты в Месяцеслов Симона (Азарьина): «Затворник Галактион, иж на Вологде, иже прорече гражданом от литвы разорение, и бысть тако, и сам ту ж убиен бысть» (Российская государственная библиотека). «Преподобный Галактион, затворник Знаменскаго монастыря» упоминается в «Описании о российских святых» (конец XVII – XVIII вв.). В 1811 г. Вологодский епископ Евгений (Болховитинов) включил имя преподобномученика в «Перечень угодников Вологодской епархии» (Памятники письменности в музеях Вологодской области, Вологда, 1989 г., на листе 92 этого сборника помещён тропарь святому). Под 24 сентября имя Галактиона указано в Месяцеслове старообрядческого монаха Ионы Керженского, в «Алфавите» монаха Ионы помещено краткое Житие святого (Ярославский музей, 1807–1811 гг.). Акафист и молитва святому помещены в сборнике XIX в. из Вологодского областного музея. Местная канонизация Галактиона подтверждена включением его имени в Собор Вологодских святых, установленный в 1841 г. по благословению Вологодского епископа Иннокентия (Борисова). В 1867 г. в Свято-Духовом монастыре во имя Галактиона был освящён нижний престол Знаменской церкви, построенной взамен сгоревшей. Над мощами преподобномученика была устроена медная посеребренная рака, на которой находилась икона Галактиона в рост, рядом висели его вериги, параман, шапка и железная цепь. Наиболее раннее изображение Галактиона находится в сборнике Житий Вологодских святых конца XVII – начала XVIII в. (Исторический музей).