28 августа 1916 г. в Елецком монастыре епископ Пахомий (Кедров) рукоположил во иерея Лаврентия (Проскуру) – старца, который в годы гонений на церковь окормлял православную общину Чернигова. С 12 октября по 6 ноября 1919 г. на территории Елецкого монастыря находился штаб белогвардейских частей генерала Антона Ивановича Деникина. После захвата Чернигова большевиками в ноябре 1919 г. начались притеснения братии монастыря. Постановлением президиума губисполкома от 27 июля 1920 г. постройки Елецкого монастыря передавались Губчека «для организации там концентрационного лагеря». С 12 июня 1921 г. на территории Елецкого монастыря действовала Елецкая религиозная община. Представители Черниговского епархиального управления на условиях и на срок, установленные по соглашению с губоткомхозом, 20 апреля 1923 г. взяли в арендное пользование архиерейский дом с Петропавловской церковью, восточные кельи, домик Феодосия, настоятельский корпус, сараи, гаражи, гостиницу (бывшие спальные корпуса для учащихся мужской рабоче-крестьянской инспекции). В мае 1922 г., в ходе изъятия церковных ценностей, из Елецкого монастыря было вывезено 34 фунта 19 золотников серебра, 11 фунтов серебряных изделий. В рапорте старшего инспектора Военно-административного отделения духовного управления Пантелеймонова в НКРКИ в г. Харьков от 16 мая 1922 г. сообщалось, что в Чернигове «ценности изъяты из 9 церквей и 2 монастырей, 1 костёла и шести синагог. Всего в Чернигове собрано, взвешено, оценено, упаковано и приготовлено к отправке 31 п. 39 ф. 75 зол. серебра, 3 ф. золота и 3 митры с драгоценными камнями, всего на сумму 65 342 золотых р.; кроме того, ещё не разобрано около 15-ти пудов серебра». 16 августа 1923 г. Черниговской окружной ликвидационной комиссией по отделению церкви от государства была создана комиссия из представителей окружного исполкома для ревизии имущества, находящегося в ведении Елецкой религиозной общины. После ревизии договор Елецкой общины с Черниговским окрликвидкомом 22 августа 1923 г. был расторгнут «ввиду укрывательства членами общины имущества и хаотического ведения последнего». В 1924 г. Успенский собор был передан Черниговскому музею. Комиссия из членов горсовета и Госмузея 7 января 1928 г. обследовала усадьбу Елецкого монастыря и констатировала их аварийное состояние, вследствие чего на основании декрета Всеукраинского центрального исполнительного комитета от 19 апреля 1922 г. «сочла целесообразным передать всю усадьбу Госмузею». Учитывая большое историко-культурное значение Успенской церкви, Совнарком УССР объявил храм с колокольней и оградой историко-культурными памятниками всеукраинского значения и передал их на содержание госбюджета. Постройки монастыря начали разрушаться, чему способствовали и местные жители, разобравшие в 1935 г. часть ограды по ул. Подмонастырской (ныне ул. Л. Толстого). К началу 1930 гг. территория Елецкого монастыря принадлежала учебно-строительному комбинату. Во время Великой Отечественной войны Чернигов был оккупирован, территорию монастыря заняла немецкая воинская часть. В Успенском соборе фашисты устроили конюшню. В 1942 г. оккупационная власть открыла Димитриевскую церковь Елецкого монастыря, при которой действовала религиозная община. В других монастырских зданиях размещались склады, Петропавловская церковь служила оккупантам мастерской по ремонту техники. После того как в 1942 г. к Чернигову приблизились партизаны, и подпольщикам удалось вынести из монастырских пещер, где было спрятано оружие, 12 винтовок и пулемёт, немцы поспешно демонтировали и вывезли свои станки.