«История...» Виктора Витенского заканчивается на смерти короля Гунериха (конец 484 г.). Хронист середины VI в. Виктор Туннунский сообщает, что король Гунтамунд (484–496 гг.) вернул православных епископов из изгнания. Вероятно, в их числе был и Евгений. В продолжении хроники Проспера Аквитанского под 488 г. сообщается, что по требованию Евгения православным было возвращено кладбище св. Агилея близ Карфагена. Однако в последние годы правления Гунтамунд относился к православному духовенству с неприязнью. Римский папа Геласий I в послании к епископам Дардании (область на Балканах) от 495 г. сообщал о твёрдости, которую проявило карфагенское духовенство во главе с Евгением перед лицом новых гонений. Король Трасамунд (496–523 гг.) начал открыто преследовать православных, более 120 епископов были сосланы на остров Сардиния. Имя Евгения среди них не упоминается. Виктор Туннунский отметил смерть Евгения под 505 г. Согласно Григорию Турскому, Евгений был вынужден покинуть Африку и переселился в Южную Галлию, принадлежавшую вестготам. Скончался в городе Альбига (ныне Альби, Франция), от его гробницы совершались чудеса. Григорий Турский свидетельствует о почитании Евгения как святого в VI в. Евгений – последний по времени святой, который упоминается в Календаре Карфагенской церкви (начало VI в.). Его имя содержится в Мартирологах Флора Лионского, Адона Вьеннского, Узуарда. Память Евгения была внесена кардиналом Цезарем Баронием в Римский Мартиролог под одним числом с карфагенским архидиаконом Салютаром, диаконом Мавриттой и другими мучениками и исповедниками, пострадавшими при короле Гунерихе (484 г.). Согласно древней традиции, зафиксированной в более поздних агиографических памятниках, Евгений был в числе епископов, отправленных в ссылку на Сардинию королём Трасамундом, и скончался на острове Корсика. В VIII в. епископ города Тарвизий (ныне Тревизо, Италия) Тициан из-за нападений сарацин перенёс его мощи в Тарвизий. Вероятно, это были останки какого-либо другого епископа-исповедника, скончавшегося в ссылке, которого народное предание отождествило с Евгением. В Ноли (область Лигурия) сложилась агиографическая традиция, отражённая в одном из Житий святителя, которое легло в основу местных литургических чтений в честь Евгения в XVII в. Согласно этому Житию, Евгений был в числе епископов, сосланных вандалами на Сардинию и Корсику. Оттуда он перебрался в Лигурию, где проповедовал Евангелие среди полуязыческого крестьянского населения в окрестностях современного Ноли и Савоны. Возжелав вести отшельническую жизнь, Евгений удалился на островок Брумиак (ныне Берджеджи), недалеко от Ноли, где и скончался. Там была построена небольшая церковь, в которой покоились мощи святителя. Первое достоверное известие о существовании церкви и гробницы некоего св. Евгения на острове Берджеджи относится к 998 г. и содержится в грамоте императора Оттона III, в которой право на владение церковью и её доходами было закреплено за епископом Савоны Бернардом. Епископ передал церковь на попечение Леринского монастыря, который управлял ею до 1252 г. После ухода леринских монахов приорат св. Евгения оскудел. Мощи святого были перенесены в Ноли и помещены в соборной церкви св. Парагория. В 1602 г. мощи были положены в новом кафедральном соборе св. Петра. В литургической практике епископства Ноли утвердилось отождествление св. Евгения с Карфагенским епископом Евгением. Евгений почитался как покровитель морской республики Ноли, впоследствии поглощённой Генуей. В Ноли память Евгения празднуется 16 июля вместе с другими св. покровителями города – Лонгином, Парфием и Парфенонием. Вероятно, это празднество было установлено в связи с перенесением мощей в 1602 г.