Трудами Евсевия число храмов за время управления им епархией выросло до 252. Он постоянно объезжал отдалённые и труднодоступные приходы, включая приходы Сахалина и Камчатки. Во время Русско-японской войны 1904–1905 гг., когда существовала угроза захвата Владивостока неприятелем, отказался, несмотря на уговоры военных, покинуть город. Осенью 1905 г. во Владивостоке произошли революционные выступления, сопровождавшиеся массовыми беспорядками, грабежами и поджогами. Евсевий возглавил крестный ход по городским улицам для прекращения бесчинств. Организовал сбор средств в помощь пострадавшим во время беспорядков и вызванных ими пожаров. 6 мая 1906 г. был возведён в сан архиепископа. Особое внимание уделял миссионерской работе. В состав епархии были включены приходы по линии Китайско-Восточной железной дороги (с 1907 г.) и Духовная миссия в Корее (с 1908 г.). В 1908 г. при Уссурийском мужском монастыре было создано Уссурийское братство Пресвятой Богородицы, которое занималось миссионерством среди корейцев. В 1910 г. во Владивостоке открылось миссионерское Камчатское братство в честь Нерукотворного образа Спасителя во главе с иеромонахом Нестором (Анисимовым), с 1916 г. – епископ Камчатский. В 1910 г. Евсевий принимал участие в первом Всероссийском миссионерском съезде в Иркутске. Во исполнение рекомендаций съезда в 1912 г. в Никольске была образована викарная архиерейская кафедра. Занявший её епископ Павел (Ивановский) курировал миссионерскую деятельность среди корейцев. В 1913 г. состоявшийся во Владивостоке первый епархиальный миссионерский съезд решил открыть для новообращённых в православие корейцев катехизаторское училище. В 1912–1913 гг. был вызван в Санкт-Петербург на сессию Святейшего Синода, участвовал в прославлении патриарха Ермогена, был назначен председателем Синодальной комиссии по выработке правил перевозки икон по водным путям. Награждён орденом Александра Невского (1912 г.), бриллиантовым крестом на клобук (1915 г.). Евсевий был прост в обхождении, отличался незлобием и всепрощением, его проповеди всегда привлекали множество прихожан. В июле 1917 г. выехал из Владивостока для участия в поместном Соборе РПЦ 1917–1918 гг. После завершения первой сессии Собора вернулся во Владивосток, но в марте 1918 г. был снова вызван в Москву на сессию Священного Синода. На третьей сессии поместного Собора выступал при обсуждении доклада Отдела богослужения об издании полного месяцеслова русских святых; стал председателем Комиссии по ознакомлению с финансовым положением Собора. Из-за начавшейся гражданской войны был лишён возможности вернуться в епархию. В 1919 г. Евсевий был назначен временно на Смоленскую кафедру. 18 февраля 1920 г. стал наместником Патриаршего престола с возведением в сан митрополита Крутицкого, ближайшим помощником патриарха Тихона; председательствовал в Священном Синоде, управлял Московской епархией. В 1921 г. запретил в священнослужении одного из видных московских обновленцев – священника Сергея Владимировича Калиновского (впоследствии снял с себя сан) и распорядился начать расследование его деятельности; однако материалы, подготовленные к церковному суду, были изъяты ГПУ во время обыска в Патриаршей канцелярии. Заупокойную службу по Евсевию в храме Христа Спасителя возглавил патриарх Тихон. Евсевий похоронен в Новодевичьем монастыре с северной стороны Смоленского собора.