В 1090 г. в Нижний монастырь были перенесены мощи наставника Емилиана преподобного Феликса Билибийского, которые хранятся в раке XII в. В 1137 г. в присутствии короля Леона и Кастилии Альфонса VII в Нижнем монастыре был освящён новый собор. Примерно к 1150гг. относятся ремонтные работы в Верхнем монастыре: входы из храма в пещерные ниши были оформлены скромными раннеготическими арками, на месте первоначального погребения святого установлен кенотаф. Он изготовлен из алебастра и изображает лежащего Емилиана, которого окружают монахи и паломники. После 1076 г., когда Наварра была присоединена к Арагону, монастырь стал терять своё значение. Из монастыря вышли ряд деятелей католической церкви и испанской культуры, среди которых – католический святой Доминик Силосский и первый кастильский поэт Гонсало де Берсео. В 1500 г. аббат Мигель де Альсага начал строительство нового комплекса зданий Нижнего монастыря. Монументальный собор во имя Емилиана, трёхнефная зальная базилика с трансептом и башней-колокольней над алтарём, был воздвигнут в 1504–1540 гг. (архитектор Т. Роди). Собор сочетает элементы архитектуры платереско (переходного от готики к ренессансу стиля) с аскетическим внешним оформлением в стиле эрререско (позднего испанского ренессанса); собор нередко называют «риоханский Эскориал». В 1595 г., после обрушения северной стены, своды собора были понижены, но он по-прежнему впечатляет простором внутреннего пространства. Одновременно были возведены огромные клуатры, сочетающие формы эрререско, готики (нижний обход клуатра, оконченного в 1554 г.) и платереско (внешний портал второго клуатра, построенного в 1574–1589 гг. А. де Роди и Х. Пересом де Обьетой). Храм и клуатр имеют великолепные платерескные порталы. Из элементов оформления храма выделяется ретабло (заалтарный образ) с изображением Емилиана, сражающегося с маврами (Х. Рицци, 1657 г.), а также рокайльная резная преграда хора (Ф. де Бисоу, 1765–1769 гг.). Интерес для исследователей представляют также Королевский зал с картинами Рицци, неоклассическая лестница святого Августина, библиотека (1780 г.) в стилистике рококо. В 1835 г. монастырь был закрыт, в 1878 г. передан августинцам-еремитам. В настоящее время Нижний монастырь является действующим, Верхний монастырь превращён в музей. В Х–XI вв. Верхний монастырь был одним из наиболее значительных рукописных центров Испании. С его скрипторием связано создание большого числа иллюстрированных рукописей, среди которых – сочинения «Концилиарий» (992 г.; Библиотека Эскориала), а также «Beatus» (Библиотека Королевской академии истории) и «Толкование на псалмы» (Библиотека Королевской академии истории), датируемые 980–990 гг. Кроме того, из монастыря происходят латинские рукописи, содержащие старейшие записи на романсе – предшественнике испанского языка. В словаре 964 г. (Библиотека Королевской академии истории) латинский текст отражает сильное влияние разговорного языка. На полях кодекса Aemilianensis 60 (Библиотека Королевской академии истории), ныне датируемого XI в., сохранились глоссы на баскском языке. Архив, хранящийся в монастыре, содержит более 400 документов, самый старый датируется 759 г. Большой известностью пользуется собрание певческих рукописей, выполненных в 1729–1731 гг. Оно состоит из 30 огромных фолиантов и является одной из четырёх сохранившихся в Испании коллекций полного круга монастырского богослужения.