П.В. Ернштедт открыл закон употребления квалитатива, одной из основных форм коптского глагола, и сформулировал закон о поведении инфинитива в презентических и непрезентических временах, получивший название «закон Штерна-Ернштедта» (Людвиг Штерн – немецкий египтолог, автор первой научной грамматики коптского языка (1880 г.), поставивший вопрос об инфинитиве). Оба закона «являются ключевыми для понимания не только системы коптского глагола, но и сущности египетского глагола и египетской предикации вообще». С середины 1920 гг. П.В. Ернштедт совместно с Григорием Филимоновичем Церетели (1870 – 1938/1939 гг.) участвовал в издании греческих папирусов, находящихся в русских и грузинских собраниях, взяв на себя публикацию папирусов византийского Египта. В 1930 г. П.В. Ернштедт опубликовал с лингвистическими комментариями коптские папирусы, купленные в Египте в 1910 г. Б.А. Тураевым и предоставленные его наследниками Азиатскому музею. Одновременно П.В. Ернштедт начал работу по изданию коптских текстов из собраний Государственного Эрмитажа и Государственного музея изобразительных искусств им. А.С. Пушкина и завершил её к середине 1930 гг. (опубликована в 1959 г.). В первую книгу вошло 77 текстов, снабжённых подробными комментариями (36 документов, 15 писем, 26 текстов фольклорного и религиозного содержания), во вторую – 103 текста (39 на папирусе, пергамене и бумаге, 64 на черепках и на камне). В 1937 г. П.В. Ернштедт приступил к переводу и комментированию открытых за несколько лет до этого коптских манихейских текстов, но рукопись была утеряна во время эвакуации. Параллельно с коптологическими исследованиями он регулярно публиковал статьи и заметки по греческой филологии и палеографии. Итогом многолетних лексикографических занятий П.В. Ернштедта стала монография «Египетские заимствования в греческом языке». Материалы по грамматике коптского языка, хранившиеся у вдовы О.К. Ернштедт (частично подготовленные автором к печати, частично представленные в черновых набросках), были собраны и опубликованы в 1986 г.