Также Епифанию было направлено краткое письмо, содержащее благодарность папы за присланные ему дары: золотую чашу, украшенную драгоценными камнями, серебряные блюдо и чашу и два покрывала. В последующем письме папа Гормизд вновь попросил патриарха Епифания восстановить на своих кафедрах викарных епископов Фессалоникийской епархии Гелия, Фому и Никострата, которые были изгнаны по причине внутренних раздоров и о которых папа Гормизд уже писал предшественнику Епифания Константинопольскому патриарху Иоанну II. С возвращением этих епископов на свои кафедры папа увязывал сохранение церковного мира, достигнутого между церквами Рима и Константинополя. В мае 521 г. одновременно с императором Юстином Епифаний сообщил Гормизду о низложении Антиохийского патриарха Павла II (519–521 гг.). В 525 г. с посольством от короля остготов Теодориха Великого (около 454 – 526 гг.) в Константинополь прибыл папа Иоанн I (523–526 гг.). Со стороны императора и патриарха ему было оказано почтение и предоставлено первое место во всех церковных церемониях (в частности, папа служил на латыни рождественскую и пасхальную службы в храме Святой Софии). Однако в 531 г. разгорелся новый спор между Римом и Константинополем из-за обращения некоего Стефана, епископа г. Ларисса, к Римскому папе Бонифацию II (530–532 гг.) с протестом против приговора Епифания. Не согласившись с решением патриарха и считая его неполномочным выносить решение относительно дел Фессалийской провинции, Стефан просил расследовать дело и восстановить его на Ларисской кафедре. За Стефана также ходатайствовали ряд фессалийских епископов и клириков (решение папы по этому делу неизвестно). В начале 532 (или 533) г. в Константинополе прошло собеседование между православными и сторонниками Антиохийского патриарха Севира (512–518 гг.). На третьем заседании присутствовали император и патриарх. Заседание было открыто речью императора, который надеялся, что этот спор закончится присоединением монофизитов к православной церкви. Но они отказались от этого, и присоединился только одни епископ Филоксен Долихский и несколько монахов и клириков. Монофизиты предложили императору и патриарху одобрить формулу «един из Святой Троицы пострадал плотью». В 533 г. Епифаний подписал адресованный ему эдикт Юстиниана I о Воплощении, в котором император излагал свою позицию относительно православного вероучения и формулу примирения с противниками четвёртого Вселенского собора. Юстиниан I принял и подтвердил православие письма Константинопольского архиепископа Прокла (434–446 гг.) к армянам, в котором говорилось, что «Иисус Христос, Сын Божий и Бог наш, есть един из Святой Троицы». Далее Юстиниан I провозгласил исповедание четырёх Вселенских соборов, без которого осуждение еретиков было неполным. В правление Епифания император Юстиниан I издал указы 528 и 529 гг., урегулировавшие порядок избрания епископов и их обязанности. После смерти Епифания на его место был избран сочувствовавший монофизитам Анфим I (535–536 гг.), который до этого был епископом Трапезундским.