Христианским просвещением калмыков занимался, в первую очередь, Донской комитет Православного миссионерского общества во главе с архиереем, учреждённый 21 ноября 1871 г. (число членов комитета в разные годы колебалось от 230 до 350). По инициативе архиепископа Платона (Городецкого) в Донской духовной семинарии была открыта кафедра калмыцкого языка. Результаты миссии среди калмыков были незначительными: в 1881–1901 гг. приняли крещение 179 человек. Неуспех миссионерства объяснялся не только противодействием ламаистского духовенства, но и тем, что крещёный калмык терял право на надел общинной земли, православные же не принимали калмыков в свои общины. Более активно развивавшимся направлением миссионерской деятельности была борьба с широко распространёнными в крае сектантством и со старообрядчеством. Согласно отчету Донского епархиального противостарообрядческого и противосектантского миссионерского комитета за 1913 г., «всех раскольников числится в епархии до 200 тыс. человек, а сектантов до 10 тысяч... Всех приходов, заражённых расколом и сектантством, числится в епархии 365», наиболее «заражены расколом округа: Сальский, Черкасский, 1 и 2 Донские и Усть-Медведицкий». В области Войска Донского действовали старообрядческие епископ и 89 священников, наставников и уставщиков, функционировало 96 старообрядческих церквей и моленных домов, три монастыря (два мужских – на хуторах Кумовом Пятиизбянской станицы и Малозападенском Манычской станицы, и женский – на хуторе Калаче Пятиизбянской станицы). Наиболее многочисленными из старообрядцев были последователи Белокриницкой иерархии, однако значительным было также число беглопоповцев, федосеевцев. С 1905 г. в Новочеркасске находилась резиденция старообрядческого Донского епископа Геннадия (Лакомкина; Белокриницкая иерархия), часто совершавшего поездки по Донской области. В пределах Донской епархии действовали секты хлыстов, Новый Израиль (новохлыстовство), молокан, толстовцев, адвентистов, скопцов и иоаннитов, многочисленными были баптисты. В 1881 г. при Донской духовной семинарии была создана кафедра истории и обличения русского раскола и ересей. В 1915 г. при семинарии открылся проповеднический и миссионерский кружок, цель которого заключалась в привлечении наиболее подготовленных старшекурсников к практической проповеднической и миссионерской деятельности. В 1896 г. в Новочеркасске начала работу Донская епархиальная миссионерская школа, задачей которой было противодействовать распространению старообрядчества, сект и ересей (устав утверждён Синодом 30 апреля 1912 г.). В школу принимались мужчины в возрасте от 22 до 40 лет, православные и единоверцы, «известные своей любовью к собеседованиям о религиозных предметах»; в разные годы в ней обучалось от 5 до 12 человек. 9 ноября 1905 г. в епархии был учреждён противостарообрядческий и противосектантский миссионерский комитет, в ведении которого состояли (в том числе) единоверческие церкви, миссионерская школа и пятиизбянское Николаевское церковно-противораскольническое братство, основанное 20 января 1897 г.