В состав новообразованной Литовской ССР вошло бывшее Виленское воеводство Польши, на территории которого находились 42 поморские общины. Весной 1941 г. состоялось перемещение в Литву из захваченного немецкими войсками Сувалкского региона Польши около 9 тыс. старообрядцев. 5 марта 1942 г., после оккупации Литвы немецкими войсками, был восстановлен ЦСС в Литовской генеральной области, действовавший до ноября 1943 г. (официально до января 1944 г.). 28 января 1944 г. ЦСС был переименован в ВСС в Литовской генеральной области. В январе 1945 г. Литва была освобождена от немецких войск. ВСС в Литовской ССР с местопребыванием в Вильнюсе являлся до конца 1980 гг. единственным духовным центром старообрядцев-поморцев в СССР, опекавшим около 300 поморских общин. 21–23 октября 1944 г. по инициативе ВСС в Вильнюсе прошёл съезд наставников и представителей старообрядческих общин Литвы, Латвии, Белоруссии и Москвы, утвердивший новый состав ВСС и духовного суда. Стремясь к единению поморцев в СССР, ВСС на втором пленуме, который прошёл 11 апреля 1945 г. в Вильнюсе, принял решение распространить свою деятельность на всех старообрядцев Прибалтики и Белоруссии, пополнить состав ВСС представителями этих регионов, а также постановил просить Совет по делам религиозных культов при СНК СССР восстановить в правах Всероссийскую старообрядческую церковь, не имеющую духовной иерархии, утвердить её устав и руководство. Надежды на объединение поморцев в СССР во главе с ВСС не оправдались. Власти воспрепятствовали объединению беспоповцев, запретили председателю ВСС И. Романову посещать старообрядческие общины за пределами Литвы, вскоре руководство ВСС и свыше 10 наставников были арестованы и отправлены в лагеря и ссылку. По закону от 19 июня 1948 г. имущество старообрядческих организаций было национализировано, здания храмов переданы общинам в долгосрочную аренду. В конце 1940 гг. в ведении ВСС в Литовской ССР состояли 74 общины с 66,72 тыс. верующих (по другим сведениям, до 88 тыс. человек), к 1953 г. осталось 58 общин, окормлявшихся 51 наставником. 14 октября 1966 г. в Вильнюсе прошёл Собор, посвящённый 300-летию старообрядчества, в котором участвовали поморские общины из Латвии, Эстонии, Белоруссии, с Украины и из России. Решения о незыблемости устоев «древлеправославия» были приняты на поморском Соборе 14 июля 1974 г. в Вильнюсе, на котором присутствовали 116 наставников и около 400 представителей поморских общин СССР. В одном из постановлений этого собора выражалась признательность Русской церкви за снятие на поместном Соборе в 1971 г. клятв на старые обряды. В 1970 гг. остро встала проблема подготовки наставников для поморских общин. Несмотря на попытки ВСС получить разрешение властей на открытие духовной школы, этот вопрос тогда не был решён. 31 июля 1988 г. в Вильнюсе прошёл Собор поморцев, посвящённый 1000-летию Крещения Руси, в нём участвовали 40 наставников и большое число делегатов из разных регионов СССР, на соборе было избрано руководство ВСС. В 1968–1993 гг. председателем ВСС был Иван Исаевич Егоров, неизменно выступавший за поддержание братских отношений с РПЦ.