Зимой 1240/1241 гг. захватчики опустошили галицко-волынские земли: были взяты Галич, Владимир-Волынский, Звенигород, Перемышль, Теребовль, Колодяжин и другие города, часть городов была полностью уничтожена. В качестве уцелевших Галицко-Волынская летопись называет Холм и отдельные крепости (Кременец, Данилов). Даниил Романович узнал о набеге на пути из Венгрии, где вёл окончившиеся неудачей переговоры о браке своего старшего сына Льва Даниловича с одной из дочерей Белы IV. Даниил Романович вернулся в Венгрию, затем отправился в Польшу, где соединился с бежавшей туда семьёй. Во время походов Батыя на Польшу Даниил Романович скрывался в Мазовии; князь Болеслав I, сын Конрада I, дал ему в кормление Вышегрод. После ухода монголов Даниил Романович и Василько вернулись на Волынь, заняв по пути Дорогичин, временно осаждённый мазовецким гарнизоном. В последующие четыре года Даниил Романович активно занимался восстановлением разорённого захватчиками государства и укреплением своей власти. Основным препятствием для этого стал князь Ростислав Михайлович, стремившийся вернуть Галич (временно это ему удалось осуществить весной 1242 г. при поддержке части галицкого боярства, но он не смог удержать город). Борьба за Галич окончилась 17 августа 1245 г., когда в битве под городом Ярославом Даниил Романович вместе с братом разгромил войска князя Ростислава, которому помогали венгры и отряды из Малой Польши. Во главе противников Даниила Романовича в Галицкой Руси стоял Галицкий епископ Артемий, покинувший в 1242 г. Галич вместе с князем Ростиславом. Перемышльский епископ также поддерживал Ростислава (после захвата Перемышля отрядами Даниила Романовича слуги епископа были избиты и ограблены, а одного из придворных, певца Митусу, который раньше не хотел служить Даниилу Романовичу, в кандалах привели к князю). Действия архиереев, по-видимому, напрямую зависели от позиции галицкой знати (прежде всего, большинства бояр), активно выступавшей против объединения Галицко-Волынской Руси под властью Романовичей и надеявшейся сохранить свою власть и привилегии при более слабых правителях. Возможно, оппозиция галицкого боярства и духовенства заставила Даниила Романовича в 1230 гг. основать новую столицу – Холм и учредить новую епископскую кафедру (сначала в Угровске, в 1240 гг. переведена в Холм). Князю удалось сломить сопротивление галицкой знати, по-видимому, в 1241–1245 гг., чему в немалой степени способствовала гибель многих галицких бояр во время нашествия Батыя. К 1230 гг. относится активная градостроительная деятельность Даниила Романовича, в частности, по устройству новой столицы – Холма. При нём в городе были построены дворец, соборы во имя Богородицы и Иоанна Златоуста, церковь Космы и Дамиана, башня. Летопись сообщает о постройке в Холме столпа высотой около 5,8 м с двуглавым орлом на вершине, что свидетельствует об обращении князя к византийской символике. Сохранилась сооружённая при нём башня в Столпье (около 10 км к западу от Холма), являвшаяся, по-видимому, частью ансамбля монастыря, в котором жила мать князя. Правитель приглашал в Холм «немцев, и русь, иноязычникы, и ляхы», в город приходили бежавшие из ордынского плена русские ремесленники.