Когда положение Иоанна Кронштадтского осложнилось после революционных событий и издания Манифеста 17 октября 1905 г. о свободе совести, А.А. Дернов стал инициатором создания Общества защиты священника Иоанна Кронштадтского от нападок врагов. Но митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский) не утвердил данный проект. Уже после кончины Иоанна Кронштадтского, 17 марта 1909 г., было официально учреждено Общество в память Иоанна Кронштадтского под председательством А.А. Дернова. Общество оказывало нуждающимся духовную и материальную помощь, прилагало усилия для поддержания памяти об Иоанне Кронштадтском, с 1911 г. издавало журнал «Кронштадтский пастырь». А.А. Дернов привлекал к сотрудничеству известных духовных писателей, в том числе Александру Фёдоровну Платонову (в монашестве Анастасию). Под руководством А.А. Дернова были открыты странноприимный дом для паломников, приют для девочек-сирот, библиотека, чайная, выдавались бесплатные обеды. 17 февраля 1915 г. А.А. Дернов был назначен на должность заведующего придворным духовенством и возведён в сан протопресвитера, настоятеля Спасского собора в императорском Зимнем дворце и Благовещенского собора Московского Кремля. С 24 декабря 1915 г. А.А. Дернов постоянно присутствовал на заседаниях Святейшего Синода. А.А. Дернов был также председателем Иоанно-Предтеченского братства трезвости, заместителем председателя Общества любителей ораторского искусства в Петрограде, товарищем председателя обществ вспоможения слушательницам Императорского женского педагогического института и ученицам Константиновской женской гимназии, законоучителем женской гимназии императрицы Марии Александровны, трудился в Комиссии по устройству народных чтений, Комитете православного миссионерского общества, был председателем четвёртого Всероссийского съезда представителей епархиальных свечных заводов. А.А. Дернов руководил деятельностью священников придворных церквей в столице и дворцовых пригородах, в Крыму, на Кавказе, а также дома призрения вдов и сирот придворного духовенства имени императора Александра II, при котором (на Воскресенской набережной, 22) он проживал, и других благотворительных учреждений. А.А. Дернов жертвовал немало личных средств храмам, библиотекам, учебным заведениям, православным обществам и братствам трезвости, старался делать это анонимно. 2 марта 1917 г. А.А. Дернов участвовал в частном собрании членов Святейшего Синода в покоях Московского митрополита Макария (Невского), на котором было признано необходимым немедленно установить связь с Исполнительным комитетом Государственной думы, и подписал 9 марта 1917 г. синодальное обращение «К верным чадам Православной Российской Церкви по поводу переживаемых ныне событий» с поддержкой Временного правительства.