В заключительных разделах трактата М. Броневский резко критикует государственную власть, преследовавшую православных противников Брестской унии; доказывает, что эти действия незаконны, т.к. противоречат присяге, принесённой королём при вступлении на трон, а также общегосударственным актам (например, Варшавской конфедерации 1573 г.), гарантировавшим сохранение в стране религиозного мира. «Апокрисис» завершается обращением автора к сенаторам и шляхте Польско-Литовского государства. М. Броневский пишет о том, что принуждение в вопросах веры приведёт к взаимоистребительной гражданской войне, кроме того, религиозное насилие может породить другие формы принуждения, опасные для «вольностей» всей шляхты без различия исповедания. М. Броневский призывает сенаторов и шляхту во имя собственных интересов заставить короля отказаться от гонений на православных. В концовке «Апокрисиса» отразились представления православной шляхты и её лидера князя К.К. Острожского (заказчика произведения) на пути преодоления кризиса, вызванного Брестской унией. В сочинении М. Броневского нашли определённое отражение протестантские взгляды автора: М. Броневский выступает против учения о пресуществлении Святых Даров в таинстве евхаристии (при издании «русского» перевода «Апокрисиса» эти высказывания были опущены), считает, что епископы лишь благодаря обычаю постепенно выделились из среды пресвитеров, отводит мирянам исключительную роль в жизни церкви («светские лица не лишены права делать постановления в вопросах веры»). Исследователи отмечают, что эти взгляды в тексте трактата не получают систематической разработки и остаются на уровне отдельных заявлений, соседствующих часто с высказываниями на ту же тему в православном духе. В награду за написание «Апокрисиса» М. Броневский получил от князя К.К. Острожского большое имение Вильск на Киевщине. В 1598 г. М. Броневский участвовал в качестве посла от Киевского воеводства в работе сейма, на котором выступил против преследований православных со стороны правительства. В 1599 г. М. Броневский присутствовал на Виленском съезде православных и протестантов, где по поручению князя К.К. Острожского организовал диспут протестантов с иезуитами. Его деятельность в защиту православных была высоко оценена Константинопольским патриархом Мелетием Пигасом, приславшим польскому шляхтичу благодарственное послание. В 1599 г. М. Броневский перешёл под покровительство главы литовских протестантов Кшиштофа Радзивилла Перуна и его сына Януша, связанных родственными узами с князем К.К. Острожским. По их просьбе М. Броневский уехал в Великую Польшу и оттуда информировал Радзивиллов о происходящих событиях. В начале XVII в. М. Броневский выступал в качестве одного из наиболее активных деятелей шляхетской оппозиции политике короля Сигизмунда III, практически постоянно участвовал в работе сейма (был послом на сеймах 15 раз). В 1606–1607 гг. принимал деятельное участие в вооружённом выступлении против королевской власти («рокоше Зебжидовского»), являясь советником руководителей восстания Миколая Зебжидовского и Януша Радзивилла. Активную общественную деятельность М. Броневский не прекращал вплоть до своей смерти, поддерживал тесные контакты с Радзивиллами, а также с Бранденбургским курфюрстом.