В 1783 г. собор был полностью расписан изнутри, включая купол, своды и стены, картинами на евангельские сюжеты, написанными масляной краской. В 1842 и 1911 гг. росписи поновлялись. Последние работы проводились под руководством художника Ф.Е. Егорова, образцом послужили росписи Виктора Михайловича Васнецова во Владимирском соборе Киева. Древний иконостас храма был уничтожен после 1917 г., современный деревянный иконостас с иконами праотеческого и пророческого рядов привезён в начале 1990 гг. из церкви села Губачёва. Вторая по времени каменная постройка Борисоглебского монастыря – тёплая Благовещенская церковь с трапезной, возведённая в 1524–1526 гг. на месте некогда существовавшего деревянного храма. Это – бесстолпная одноглавая церковь с крещатым сводом. Декорация фасадов, хотя и близка к внешнему убранству Борисоглебского собора, имеет отличия: фасад разделён на прясла лопатками, похожими на пилястры, профилированный карниз проходит по фасадам не на уровне импостов лопаток, а намного ниже, что создаёт впечатление большей стройности и лёгкости, а также превращает завершения прясел в арки. Внешний вид церкви был сильно изменён в конце XVII в. перестройкой сводов трапезной, сооружением прямоугольного в плане алтаря, заменой первоначального (как полагают исследователи, трёхлопастного) покрытия храма на четырёхскатное. С западной стороны было пристроено богато декорированное крыльцо. В ходе реставрационных работ 1990 гг. были найдены фрагменты фресковой композиции «Благовещение», по стилю близкие к росписям XVI–XVII вв. К Благовещенской церкви примыкают настоятельские покои, сооружённые в XVI в. и полностью перестроенные в XVII в. В XVI в. в Борисоглебском монастыре были также возведены каменные просфорный дом и братский корпус, где разместились поварня и погреба. К XVIII в. относится сооружение казначейского (архиерейского) корпуса, здание которого в 1822–1862 гг. занимало Ростовское духовное училище. Возведение первых каменных стен в Борисоглебском монастыре относится, как полагают исследователи, к XVI в. К концу XVII в. монастырь стал мощным оборонительным сооружением: в 1670–1690 гг. его территория была обнесена крепостными стенами, их длина составляет 1040 м, высота – 10–12 м, толщина – 3 м, с 14 башнями высотой от 25 до 40 м. Круглые в плане башни северной стены монастыря являются почти точной копией башен Ростовского кремля, выстроенных в конце XVII в. при митрополите Ионе (Сысоевиче). Башни декорированы фигурными украшениями из тёсаного кирпича.