На вопрос, «могло ли быть убийство совершено душевно больным», врач-психиатр, профессор Киевского университета Иван Алексеевич Сикорский заявил, что убийство Андрея Ющинского, несомненно, «учинено не одним, а несколькими лицами, тщательно обдумавшими и планомерно выполнившими с техническим совершенством задуманное. Помешанные не могли совершить такое убийство». Сделав вывод, что убийца стремился выпустить как можно больше крови, он поддержал версию ритуального убийства. Против заключений И.А. Сикорского выступили академик Владимир Михайлович Бехтерев и профессор Карпинский, которые доказывали отсутствие «собирания крови» и полагали, что единственной целью убийц было лишить Андрея Ющинского жизни. Хирурги-профессора Евгений Васильевич Павлов и Александр Александрович Кадьян дали заключение, что намеренного обескровливания жертвы не было. По одной из побочных версий, в убийстве по-прежнему подозревались лица из преступной среды. Они рассчитывали, что убийство православного мальчика накануне иудейской Пасхи, несомненно, будет приписано евреям, вызовет погром, который предоставит им возможность безнаказанного грабежа. Следствие было окончено 5 января 1912 г. Во время составления обвинительного заключения к прокурору киевского окружного суда А.М. Зацепину обратился местный журналист Степан Иванович Бразуль-Брушковский, заявивший об итогах собственного расследования дела. По его версии, убийцей являлся бывший сожитель Веры Чеберяк Павел Мифле со своими сообщниками. Проверка версии повлекла за собой дополнительное расследование и отсрочку суда. 25 сентября 1913 г. начался судебный процесс. К тому времени российское общество раскололось на две части. Правое крыло российской интеллигенции во главе с религиозным философом и писателем Василием Васильевичем Розановым выступило в поддержку версии о действительно имевшем место ритуальном убийстве. Другая часть, выступившая с резким осуждением киевского процесса, опубликовала обращение «К русскому обществу. По поводу кровавого навета на евреев». Среди подписавших его были Владимир Галактионович Короленко, Александр Серафимович Серафимович, Александр Иванович Куприн, Максим Горький, видные учёные и депутаты Государственной думы. Дело слушалось в киевской судебной палате. Суд под председательством киевского окружного судьи Фёдора Алексеевича Болдырева открыл заседания 25 сентября 1913 г. Гражданскими истцами выступали члены фракции правых третьей Государственной думы Георгий Георгиевич Замысловский и адвокат Алексей Семёнович Шмаков. Обвинение поддерживал товарищ прокурора петербургской судебной палаты Оскар Юрьевич Виппер. Защитниками М. Бейлиса были Оскар Осипович Грузенберг, Дмитрий Николаевич Григорович-Барский, Александр Сергеевич Зарудный и Николай Платонович Карабчевский, Василий Алексеевич Маклаков. 28 октября 1913 г. на заключительном судебном заседании перед присяжными было поставлено два вопроса: доказано ли на суде, что Андрею Ющинскому «в одном из помещений кирпичного завода... нанесены колющим орудием раны... <которые>, вызвав мучительные страдания Ющинского, повлекли за собой почти полное обескровление и смерть», и если это доказано, то виновен ли М. Бейлис в том, что совместно «с необнаруженными следствием лицами из побуждений религиозного изуверства» совершил убийство. Приговор присяжных был следующий: по первому вопросу – «Да, доказано», по второму – «Нет, не виновен». В начале 1914 г. М. Бейлис с семьёй уехал в Палестину, а оттуда в 1920 г. – в Нью-Йорк, где и скончался в 1934 г.