С 1991 г. – наместник игумен Варлаам (Передернин; ум. в 1995 г.), с 1995 г. – игумен Даниил (Ишматов), с 1999 г. – архимандрит Вениамин (Трепалюк), с 2001 г. – игумен Герасим (Гаврилович), с марта 2003 г. – Антоний (Щукин). К апрелю 2002 г. в обители было 40 человек братии, из них четыре иеромонаха. Нижний храм Крестовоздвиженского собора освящён в честь Иверской иконы Божьей Матери, совершаются ежедневные богослужения по монастырскому уставу. 27 сентября 1998 г. справа от собора поставлен памятный крест, являющийся копией воздвигнутого в тот же день в 1901 г. Близ монастыря восстановлен Серафимо-Алексеевский скит. Почитаемые святыни Белогорского монастыря находятся в Иверском храме Крестовоздвиженского собора: Казанская икона Божией Матери; икона великомученицы Варвары с частицами гроба; икона Иоанна Златоуста с мощевиками. 2 июля 1998 г. Варлаам (Коноплёв) с иеромонахами Сергием (Вершининым), Илией (Попопвым), Вячеславом, Иоасафом (Сабанцевым), Иоанном (Новосёловым), Антонием (Араповым), иеродиаконами Михеем (Подкорытовым), Виссарионом (Окуневым), Матфеем (Банниковым), Евфимем (Коротковым), монахами Алексием (Коротковым), Варнавой (Надеждиным), Димитрием, Саввой, Гермогеном, Аркадием (Носковым), Евфимем (Шаршиоловым), Маркеллом (Шавриным), послушниками Александром Араповым, Иоанном, Иаковом, Александром, Иаковом (другим), Петром Балабановым, Петром, Петром (другим), Петром (другим), Сергием, Феодором были прославлены как местночтимые святые, Архиерейским собором 2000 г. причислены к лику общероссийских святых. Престольные праздники (по новому стилю): 13 апреля – Иверской иконы Божьей Матери; 22 мая – Перенесения мощей Николая Чудотворца; 27 сентября – Воздвижения Креста Господня; 26 октября – Иверской иконы Божьей Матери; 19 декабря – Николая Чудотворца; 2 июля и 25 августа – память Варлаама с убиенной братией. 18 января 2002 г. на Пермском подворье монастыря был освящён храм во имя Варлаама и пострадавшей братии. В мае 1996 г. Белогорский монастырь посетил Патриарх Московский и Всея Руси Алексий II. В монастыре проводятся миссионерские Варлаамовские Белогорские чтения с участием богословов Московской духовной академии, Свято-Тихоновского института, вузов Перми: с 4 по 7 февраля 1997 г. – на тему «Столетие Свято-Николаевского мужского миссионерского монастыря»; с 28 июня по 2 июля 1997 г. – «Православие и искусство»; с 1 по 3 августа 1998 г. – «Великая княгиня Елисавета Фёдоровна. Служение женщины в православной Церкви». В 1998 г. при Белогорском монастыре действовала миссионерская школа «Добро-глагол». Традиционными являются крестные ходы из Перми на Белую Гору: 27 июля – 1 августа 1997 г. в Белогорский монастырь были перенесены мощи многих святых, мироточивый список Казанской иконы Божьей Матери и образ святителя Николая. Крестный ход 26 июля – 1 августа 1998 г. был посвящён памяти игумена Серафима (Кузнецова).