Большое стечение народа на молебен к спускаемой со стены иконе вызвало беспокойство светских и духовных властей. Московский архиепископ Амвросий (Зертис-Каменский) приказал прекратить молебны и, по некоторым данным, имел намерение убрать икону со стены. Это стало причиной народных волнений, которые привели к убийству Московского архиепископа. В XIX в. празднование в честь иконы длилось три дня и сопровождалось крестным ходом к Варварским воротам. В 1880 г. по ходатайству Московского митрополита Иннокентия (Вениаминова) для чудотворного образа устроили часовню в Варварской башне и пристроили шатровое крыльцо (архитектор Николай Васильевич Никитин; 1828–1913 гг.). Над воротами вместо помещённой в часовню чудотворной иконы поставили её список, который тоже прославился чудотворениями и замещал древнюю икону в те дни, когда она участвовала в крестных ходах. После закрытия часовни в 1923 г. Боголюбская Московская икона была перенесена в церковь апостолов Петра и Павла у Яузских ворот, а икона-заместительница в 1918 г. попала в церковь Воскресения Христова в Сокольниках, где находится и в настоящее время. Иконография Боголюбской Московской иконы восходит к изображениям молящейся Богоматери с припадающими начала XVI в. – одному из вариантов иконы «Богоматери Молебной» с группой молящихся вселенских и русских святых. С конца XVII в. такие иконы стали именоваться Боголюбскими из-за иконографического сходства с древней Боголюбской иконой. Прославление Боголюбской московской иконы после эпидемии 1771 г. привело к появлению с неё списков, некоторые датируются 1780 гг. (музей Андрея Рублёва, серебряный оклад 1784 г.; музеи Московского Кремля). Эти иконы довольно точно повторяют прототип, но состав святых на иконе и на списках может не совпадать. С идеей заступничества Богоматери и московских чудотворцев за свой город связаны изображения Московского Кремля, отличающиеся высокой степенью точности, и тексты молитв, помещавшиеся в нижней части икон. На иконах XIX в. молитвенные тексты, как правило, не встречаются, а изображение Кремля приобретает стилизованные формы. Кроме того, в этот период состав предстоящих Богоматери святых часто менялся в зависимости от пожеланий заказчика (например, икона второй четверти XIX в. из собрания Государственного музея палехского искусства).