В этот период активно критикуется практика передачи в монастырь детей, отмечается массовое обращение мирян в сознательном возрасте в монашество. Реформированные бенедиктинцы приобретают высочайший духовный авторитет, на рубеже XI–XII вв. формируя во многом политику папства в реформе церкви и осуществлении принципов теократии. Хотя все реформаторы поначалу отталкивались от идей Бенедикта Анианского, между ними были различия: если реформы в Римско-Германской империи во второй половине X – первой половине XI в., а также в Англии при короле Эдгаре Миротворце (Собор в Уинчестере, около 970 г.) были обусловлены в том числе политико-идеологическими факторами и проводились сверху и в границах соответствующих государств, то во время клюнийского движения исходило из среды монашества, а сложившееся вокруг аббатства Клюни объединение монастырей, не скованное какими-либо протестными границами, свободное от влияния епископа или светского сеньора, было санкционировано папскими привилегиями. Хотя реформаторы и пытались с помощью писаных «обычаев», сообразно своему пониманию бенедиктинства, до мельчайших подробностей регламентировать жизнь монастырей, их объединения оставались рыхлыми. Наиболее устойчивыми оказались те связи, которые строились по принципу филиации (от лат. filia – дочь), известному ещё по уставам Пахомия Великого (около 292–348 гг.) и Бенедикта Нурсийского, когда аббат основывал на землях монастыря целлы (кельи) – дочерние обители, отселяя туда часть братии и назначая приоров. Реформаторы делали акцент на усилении монашеской дисциплины, выразившемся в почти полной ритуализации жизни, не оставляющей монахам никакой самостоятельности, закрытости от мира (о чём зримо свидетельствовали чёрные одеяния, введённые у бенедиктинцев клюнийцами) и богослужении. Постепенно оправляясь после периода упадка и раздробленности, монашеская церковная организация бенедиктинцев возвращает себе прежнюю значительную роль в общественной жизни Европы. Помимо увеличения числа монастырей в традиционных для бенедиктинцев странах (Италии, Франции, Германии, Англии), они закрепляются в X в. в Испании, Чехии, Польше, Венгрии, Далмации, в XI – начале XII в. в Скандинавии, Византии (близ Константинополя и на Афоне) и Святой Земле (их первый монастырь был основан там уже около 800 г.). Около 1150 г. выходцами из ирландских монастырей бенедиктинцев в Вене при немецкой колонии в Киеве была основана обитель, позднее разрушенная татарами (1241 г.). Борясь с упадком монашеской дисциплины, бенедиктинцы стали инициаторами Клюнийской реформы. Монастырь Клюни и его аббаты получают в Италии и Германии в XI в. особенное влияние: выведенные из-под власти местных епископов клюнийские монастыри образовывали своего рода суверенное монашеское государство, главу которого (аббата), позднее получившего из Рима знаки епископского сана, современники нередко называли «королём монахов» («rex monachorum»). В конце XI в. аббат Клюни играл роль посредника в конфликте между папой Григорием VII (1073–1085 гг.) и германским императором Генрихом IV (1056–1106 гг.). В то же время рост городов и развитие экономических отношений постепенно приводили к коренному изменению социальной структуры общества в Западной Европе, что стало причиной нового комплексного кризиса бенедиктинцев. Жизнь богатых монастырей, владевших землей, крестьянами и т.п., всё дальше уходила от идеалов первоначального монашества – бедности и подражания Христу, что, в свою очередь, вызывало критическое отношение к монахам в обществе. В конце XI – первой половине XII в. между монахами и канониками велась оживленная полемика о монашеских идеалах и роли монашества в обществе. Стремление преодолеть кризисные явления приводит к активному участию многих монахов и настоятелей общин в жизни церкви (например, Бернард Клервоский; 1090–1153 гг.) и, с другой стороны, – к поиску путей расширения духовного мистического опыта (Хильдегарда Бингенская; 1098 –1179 гг.).