Бенгель посвятил себя обязанностям члена консистории. Тогда же он приобрёл популярность своими беседами с народом о Библии. Церковные суды в то время занимали сложные вопросы: как следует относиться к тем, кто отделился от церкви, и насколько терпимо следует относиться к собраниям, целью которых является религиозное образование, проводимое в частных домах? Светские власти (например, герцог Вюртембергский, который был римо-католиком) склонялись к репрессивным мерам, в то время как члены консистории, признавая положительный эффект этих встреч, были склонны разрешить их. Бенгель был на стороне членов консистории. Восемнадцать лет длилось его противостояние с графом Цинцендорфа Николаем-Людвигом, лидером моравских братьев в Хернхуте, в Саксонии. Своим догматическим учением, превращавшим божественный план спасения в систему, он противостоял динамическим, экуменическим, миссионерским усилиям Цинцендорфа, равнодушного к догматическим и конфессиональным разделениям. Бенгель пытался манипулировать историческими календарями в хилиастической попытке предсказать время конца света, а Цинцендорф назвал его попытки суеверным «толкованием знаков». Результатом был раскол между моравскими братьями и строгим пиетизмом, характерным для Вюртемберга, представителем которого был Бенгель. В 1751 г. он получил степень доктора богословия в Тюбингенском университете. При твёрдой вере в полную боговдохновенность и безусловный авторитет Библии Бенгель чувствовал сильное смущение из-за множества вариаций в тексте Нового Завета и со свойственными ему смирением и настойчиво немедленно приступил к исследованию этого предмета. Его причисляют к учёным-библеистам за то, что он создал критическое издание Нового Завета и экзегетический комментарий на него – «Gnomon». Тщательно изучив множество изданий и рукописей Библии, Бенгель пришёл к выводу, что общепринятый текст (Textus Receptus) необходимо выверить, учитывая разночтения и варианты. Он положил начало этой работе, издав Новый Завет с критическим аппаратом, который надолго стал классическим образцом текстуальной критики. Достав все издания, манускрипты и переводы, какие только мог, Бенгель подготовил критический текст греческого Нового Завета и «Apparatus Criticus». Издание вышло в свет в 1734 г. в Тюбингене, а также в том же году в Штутгарте, однако без критического аппарата. Это издание стало исходным пунктом для всей последующей текстологической критики Нового Завета. Уже в 1725 г. в дополнение к «Chrysostoms De Sacerdotio» Бенгель написал «Prodromus Novi Testamenti Graeci recte cauteque adornandi», где говорилось о принципах, на которых должно было основываться издание Нового Завета. Его правилом было: «Следует предпочитать более трудное чтение». Составляя базовый текст своего издания, Бенгель ограничил себя условием – в базовом тексте могли быть только такие чтения, которые уже были использованы в одном из уже бывших печатных изданий греческого Нового Завета. От этого условия он отступил только в Апокалипсисе, текст которого сильно отличался в различных изданиях, и Бенгель счёл возможным использовать чтения из манускриптов. Внизу страницы были расположены разночтения, различную степень важности которых Бенгель обозначил первыми пятью буквами греческого алфавита: α обозначало чтение, которое Бенгель считал первоначальным, хотя и он и не решился поместить это чтение в основной текст; β – чтение, которое, по его мнению, было лучшим, чем в тексте; γ – равноценное с чтением в базовом тексте; δ – чтение худшее, чем в тексте. Текст был поделён на параграфы, хотя во внутренних ссылках использовалась деление на главы. За текстом следовал критический аппарат, первую половину которого составляло введение в критику Нового Завета, в 34 параграфе которого он объяснял своё знаменитое правило «Proclivi scriptioni praestat ardua» («более сложное чтение должно предпочитаться более простому»), ставшее одном из основных законов текстологии. Вторую часть критического аппарата составлял разбор различных чтений. Здесь Бенгель предоставлял читателю материал как в пользу, так и против того или иного чтения, позволяя составить собственное мнения о тексте. Он был первым, кто высказал и начал развивать теорию «семей», или типов рукописей.